New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4344555 = | 64 (1.670) | 4 (0.110) | 4/302 | NT | 9.0% | intergenic (‑21/+216) | lysU/dtpC | lysine tRNA synthetase, inducible/dipeptide and tripeptide permease |
? | CP009273 | 4344737 = | 19 (0.510) | intergenic (‑203/+34) | lysU/dtpC | lysine tRNA synthetase, inducible/dipeptide and tripeptide permease |
ATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGCCATACCGCTAATTTGCGACTCTGTCGTCTGCTGTGCCACGACGCCTGCCAGCCAGTTGGCGACCGCGCCTGTTGCCAGCATATAAATCCCGGTTAA > CP009273/4344572‑4345007 | aTAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATtc > 2:628899/1‑227 (MQ=255) agagACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCACGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATtcgtcg < 1:628908/227‑1 (MQ=255) aCAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGANTATcagcac > 2:267490/1‑270 (MQ=255) attggTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATcg < 1:267495/264‑1 (MQ=255) gTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAAGAACCAGCAAAATGGGTTAAATGACTTATTAATNTCGATTTGGTAGTGTTATAGACTGAAAGTTAATTGATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAAt < 1:558490/275‑1 (MQ=255) tttATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 1:398815/1‑153 (MQ=255) tcttatcGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGct < 2:398808/153‑1 (MQ=255) gaggtaagcgttagtttcgctaagataaactgagttactaatagtcgaggcagataatacagtgtaccgatctgtctctttatctacgctaaattgaaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGAAACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGc > 1:576430‑M2/101‑275 (MQ=255) aggtaagcgttaggttcgataagataaactgagtgactaatagtcgaagcagataatacagtgtaccgatctgtctctttctctacgctaaattgaaagTTAATTTATTCATAACCAATTGCTTGTACGACAGTTAAGCGTTGCTCTCCTCCACCATATTCGTCGGCTTGCTAAACCGAAAACGCTTAGCAACGGCCAATACGACAATGATCGCGAAACAAGCCAACGCCCACTCCCCCATACGAGAAAAAAATCGCCGGCCAACTCCAATTGc > 2:506469‑M2/100‑274 (MQ=255) tACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACAGGTAGCAAAGGCAAATACGACGATGATCGCGACACAAGCAAACGTCCACTCTCCCATCAGAGAAAAGAATCGCGGGTAAGCTGCAATTCACAAACCGATaaa > 1:248966/1‑274 (MQ=255) cTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTTTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGCCATACCGCTAAtttt > 1:132525/1‑274 (MQ=255) ataaactgagttactaatagtcgaggcagataatacagtgtaccgatctgtctctttatctacgctaaattgaaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACAGAAGCCAACGTCCACTCTCCCATc > 1:670777‑M2/77‑219 (MQ=255) aatgagtttataatagtcgaggcagataatacagtgtaccgatctgtctctttatctacgctaaattgaaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTgag < 2:670768‑M2/147‑1 (MQ=255) gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:622850/1‑74 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTcc > 1:613322/1‑95 (MQ=255) aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:622859/74‑1 (MQ=255) tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTa < 2:613313/95‑1 (MQ=255) cGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt > 1:238688/1‑52 (MQ=255) aTTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAAtt > 1:289636/1‑198 (MQ=255) tttGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCAGGTAAGCTGCAATTGCCATACCGCTAATTTGCGACTCTGTCGTCTGCTGTGCAACGACGCCTCCCAGCCAGTGGGCGaganagccggctcc > 2:69771/1‑261 (MQ=255) ttGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 2:238683/52‑1 (MQ=255) gTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGCCa < 2:289630/198‑1 (MQ=255) ttATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCACTTGCCATACCGCTAATTTACAACTCTGTCGTCTACGATGCCACCACCCCTGACCGCCAGTTTGCAACAGCGCCTGttctcctcctttaa > 2:582511/1‑262 (MQ=255) taAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGCCATACCGCAAATTTGCGACTCTGTCGTCTGCTGTGCCACGACGCCTGCCAGCCATTTGGCGACCGCGCCTGTTGCCAGCATATAAATcc > 1:353787/1‑275 (MQ=255) aaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGt > 1:546493‑M2/5‑92 (MQ=255) aaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATacga > 2:501749‑M2/5‑109 (MQ=255) aaagTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAATCTGCAATTGCCATACCGCTAATTTGCGACTCTGCCGTCTGCTGTTCCCCACCGCCTTCCACCCATTTGGCGACCCCCCACGTTTCCCGCATATACATCCCGTTTaa > 1:169961‑M2/5‑275 (MQ=255) ttAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCa < 2:546484/92‑1 (MQ=255) ttAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAATGGCCAATACGACgat < 1:501756/109‑1 (MQ=255) | ATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGGCGTGCTAAACAGAAAACGGGTAGCAAAGGCCAATACGACGATGATCGCGACACAAGCCAACGTCCACTCTCCCATCTGAGAAAAGAATCGCTGGTAAGCTGCAATTGCCATACCGCTAATTTGCGACTCTGTCGTCTGCTGTGCCACGACGCCTGCCAGCCAGTTGGCGACCGCGCCTGTTGCCAGCATATAAATCCCGGTTAA > CP009273/4344572‑4345007 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |