New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4252643 = | 59 (1.720) | 4 (0.130) | 4/302 | 2.4 | 6.7% | intergenic (+9/‑125) | dusA/pspG | tRNA‑dihydrouridine synthase A/phage shock protein G |
? | CP009273 | 4252787 = | 57 (1.780) | coding (20/243 nt) | pspG | phage shock protein G | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAAC > CP009273/4252513‑4253054 | tGTTCCAGGGTATTCGTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTNCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTtgt > 1:599021/1‑275 (MQ=255) gTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAATGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCCTGATTCTTGTAATTCCAGCAAGAGATTCCATATTTGGGGGAGAATAATGCTGGAACTACTTTTtgt > 1:175976/1‑274 (MQ=255) ttCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTCCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCACTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTTTTGTAATGCCAGCAAGCGATTTCATATTTGGGAGATCAAACTGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGTCttttt > 2:592264/1‑275 (MQ=255) ggCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAGATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCATTAGATTATTTTTGGCATGATTCTTTTAATGCCAGAAAGAGCGTTAAGATTTTGGAGTGCATCATTATTTAACTACTTTTTGTGTTAGtttttttttttt > 2:313630/1‑271 (MQ=255) gcgcgcGGCCGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGCACCCGCGCTCAAACAGGTGGCGGATAAGCGTTAACTCTTCACAAAAATGTCTGCCCATTCACAACGCACTGAGCACTGTCTCGGGACGATTTTCTATTAACTACATAGCTTATTTTTAGCCTGCTTCTTGTAATGCCAGCAAGGACTTTAATATATGTGAGAGAAGCATGCCGGAACTGACTTTAGTGATNTTTTTTCTTGTCag > 2:520488/1‑274 (MQ=255) gcgggcgcttcaaGCGGGTGCCTACATTCATGTGCGGGAACCCTTGCTCACACTGGTGGCGGATAAGCGTTTACTTTTCACCAAAAAGTAGGCAAGTTTACCACGCCGTGCGCACCGTCGCGGGACGTTTTGCTGTTCAATCGATGGATTATTGTTGGTATGAGTCTTGTCATGCCAGCAAGGGGTGTCATTTTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTCTTGGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGGTGCTggg < 2:107620/263‑1 (MQ=255) aaTGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGAATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACTGGGGTTTCGTTGCTga > 1:344617/1‑271 (MQ=255) tAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGATGGGCATTATCGTGGCGCTTGtgggggtgagg > 2:129230/1‑265 (MQ=255) gCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGCGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTGGCTGGGCTTTATCACCGCTCTTTTtgtctttttttccttt > 2:535482/1‑262 (MQ=255) ttgAACACGCGCTCAAACTGGTGTCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCTCCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTa < 1:129231/272‑1 (MQ=255) tGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGtt > 2:273556/1‑233 (MQ=255) tGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGGGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGGATTATGGCCGCGTGGGTTGTGGTCAGGGCtattat > 2:159631/1‑275 (MQ=255) ggAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATg < 2:599012/275‑1 (MQ=255) 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ggcTTAAACGTGTGTCGGATAATCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGGGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCANGATTCTTGTAAGGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTcgg < 1:592273/274‑1 (MQ=255) tCAAGCTGGTGTCGGATTAGCTTTAACTTTTCACCAAAAATTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCGTGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTcggcg < 1:288243/274‑1 (MQ=255) aaaCTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCTCCAACAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGTGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGTTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGt < 1:293772/274‑1 (MQ=255) cTGATGGCGANTTAGCGTTTACTTTTCACCAAATAGTAGTCACATTCACCATGCCCTTCGCACCGTCTCGTGTCGTTTTGCTGTTAAATCAATTGATTATTTTTTGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTTTGAGAGCATCATGCTGGCACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCCTTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGGCGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATg < 2:77516/274‑1 (MQ=255) gATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCTACGGCCATTATGTTCCTCGGCGTTATGCTGTCAtta > 1:95573/1‑273 (MQ=255) ttCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTCTCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTTGGCGGTCTGTTTGCATTGATGAGTAAGTtgctgc > 1:295219/1‑275 (MQ=255) 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ccTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGGTGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGGGgtgt > 1:36363/1‑275 (MQ=255) gcgcACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTAGCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTtgc > 1:434761/1‑239 (MQ=255) cgcACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACAGGCGTATCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCGGGTTGTGGCGACGGCCATGTTGTTCTTCGGCGGTATGCTGGCATTGAGGGTTAAGTTGGTGCCGTGGTTCCTATTGGCGAGTGCAGTGGTGgggg > 1:585188/1‑274 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCtt < 1:90486/84‑1 (MQ=255) gTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGTGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTGATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGACGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGt > 1:85093/1‑275 (MQ=255) aGCAAGAGATTTCATCTTTGGGAGGGCAACATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTANTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAgg > 1:477445/1‑275 (MQ=255) aGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCAt > 1:284193/1‑131 (MQ=255) 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agagCATCATGCTGGAACTACTTTTGGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCg < 2:515868/176‑1 (MQ=255) gagCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGttt < 1:301710/65‑1 (MQ=255) agCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCg > 2:390273/1‑99 (MQ=255) tcatGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCCTTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACgg < 1:390277/99‑1 (MQ=255) tGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTcg > 1:115406/1‑111 (MQ=255) tGCTGGAACTACTTATAGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTANGGCGATTGAAGCAACAAAAGTGGCGAAATATCAGCGGTATGACCGCTGGCGGTACTAAGGGATTGTTGGGATGATCAAAACCTAAGGattt > 1:520784/1‑275 (MQ=255) ggAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTcggcgg < 2:115405/111‑1 (MQ=255) ctttttgTGTTTGGCTTTTTTGTCTTGCTGATGGTCACCGTCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTNTGTTCCTCGGCGGTATGCAGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTACGGTTTTATCCTTAGaa < 1:516232‑M2/267‑1 (MQ=255) ctttttgTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCt > 1:5024‑M2/8‑71 (MQ=255) ctttttgTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAGGGATTGTGAGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAgaaa > 1:223731‑M2/8‑274 (MQ=255) ctttttgTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTCGGCATTATCGCCCCTCTGGTTGTGTCGACGGCCATTATTTTCTTCGCCGCTATGCTGGCATTGATGAtt > 2:6346‑M2/8‑123 (MQ=255) ttgTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGtt < 2:5023‑M2/68‑1 (MQ=255) ttgTGATGGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGt < 1:6347‑M2/120‑1 (MQ=255) | TGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTGGGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAAC > CP009273/4252513‑4253054 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |