New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1196562 = | 41 (1.020) | 4 (0.110) | 3/278 | NT | 11.0% | intergenic (‑74/‑391) | xisE/ymfI | e14 prophage; putative excisionase/e14 prophage; uncharacterized protein |
? | CP009273 | 1196651 = | 28 (0.780) | intergenic (‑163/‑302) | xisE/ymfI | e14 prophage; putative excisionase/e14 prophage; uncharacterized protein |
TTTTTCTTGATTACAGGTGTTACCAACTCCCCAACTAACTCGGCGTCCTCACGCACTCGCCATAACCGGCCTTGTTTCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCA > CP009273/1196295‑1196835 | tttttCTTGATTACAGTTGTTACCAACTCCCCAACTAACTCGTCGTCCTCACGCACTCGCCATAACCGGCCTTGTTTCACGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACa < 1:689249/275‑1 (MQ=255) aCCAACTCCCCAACTAACTCGGCGTCCTCACGCACTCGCCATAACCGGCCTTGTTTCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCcac < 1:606237/275‑1 (MQ=255) tGTTTAAGGGCCGGTGGACAAAATCAATTTTGTTTATCATTACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACtctt < 2:355013/273‑1 (MQ=255) tttCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTAATCCGGGGATAc > 1:355019/1‑267 (MQ=255) tttCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTNAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTctct > 1:563752/1‑275 (MQ=255) gantgcggctcagcgcacgcgggttaaggttgaggctgacaatcgaccttctgtggatacccacccgcctggtgtgcaaccttcgccaggcaccgggggcacccgacaccacaactttatgctgtgtgtagtcttggcggtaccagttttttcctttttcctttctggtaccgccctttttACaaa > 1:523826‑M1/182‑186 (MQ=255) aCAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACTCACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCGTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAggg < 1:311994/275‑1 (MQ=255) gCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATActc > 2:292245/1‑240 (MQ=255) aGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACtcttct < 1:292250/240‑1 (MQ=255) ggttgaggcgaacaatcgaccttctgtggatacccacccgcctggtgtgcaaccttcgccaggcaccgggggcacccgacaccacaactttatgctgtgtgtagtcttggcggtaccagttttttccttagtcctttctggtaccgccctttttACa > 1:670680‑M1/155‑157 (MQ=255) ttACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTg > 1:612121/1‑209 (MQ=255) 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tttGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCg < 2:635514/130‑1 (MQ=255) tatGCGCTCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATc > 2:493416/1‑110 (MQ=255) cGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAACCAGAGAACAGCACATGTGGCCACAGCTAACAGGa < 1:493425/110‑1 (MQ=255) cACCTTATTACTACACTAACTGCACAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAACACCtg > 1:510815/1‑88 (MQ=255) aCCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTATGTTTTGTAAAACGGGAGGTACCAGAAAGGACTACGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGCCTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGACCCCGGTGGCTGGCAAAGGTTGCAAACCAGGCgggggg > 1:208286/1‑275 (MQ=255) ttattaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAACACCTGTGGc < 2:510806/88‑1 (MQ=255) tattaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGc > 1:322286/1‑87 (MQ=255) tattaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCggagtgagat > 2:80106/1‑267 (MQ=255) tattaCTACACTAACAGCTTAATCTCAGAATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAAc > 1:502927/1‑118 (MQ=255) attaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGAGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGCTGCCTGGCGAAAGTTGCACACCAATCggggggtgatc > 2:653293/1‑270 (MQ=255) actacACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCcaca < 2:322280/87‑1 (MQ=255) 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aaCTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTaaa < 1:628024/141‑1 (MQ=255) aaCTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCggg < 1:161055/256‑1 (MQ=255) gCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGAGCGGTACCAGAACGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACCACA‑CATAAAGTTGTGGTGACGGGTGCCCCCGGTGCCTGACGAAGATTGCACACAAGGCTTGTGGGTATCCACaaaatttctatt > 2:590640/1‑267 (MQ=255) ttATTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCACTGTTCTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGt < 1:653307/275‑1 (MQ=255) tAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTc < 1:434751/275‑1 (MQ=255) tCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTctct > 2:57769/1‑111 (MQ=255) cttagtcctttctggtaccgccctttttACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAAccc < 2:490859‑M1/59‑1 (MQ=255) tagtcctttctggtaccgccctttttACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAAccc < 2:332784‑M1/59‑1 (MQ=255) 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cacaAAACAGAGAAGAGCACCTGGGGCCACAGATATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGTAAAAAACTGGTCCCGCCAAGACTaca‑ca < 1:552978/147‑1 (MQ=255) ACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTcacca > 1:80107‑M1/1‑274 (MQ=255) | TTTTTCTTGATTACAGGTGTTACCAACTCCCCAACTAACTCGGCGTCCTCACGCACTCGCCATAACCGGCCTTGTTTCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCA > CP009273/1196295‑1196835 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |