New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1196562 = | 41 (1.020) | 4 (0.110) | 3/278 | NT | 11.0% | intergenic (‑74/‑391) | xisE/ymfI | e14 prophage; putative excisionase/e14 prophage; uncharacterized protein |
? | CP009273 | 1196651 = | 28 (0.780) | intergenic (‑163/‑302) | xisE/ymfI | e14 prophage; putative excisionase/e14 prophage; uncharacterized protein |
ACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTC > CP009273/1196384‑1196906 | aCAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACTCACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCGTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAggg < 1:311994/275‑1 (MQ=255) ttACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGAGTTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAANTACTACGTCCAACACTAca‑cccat > 2:434744/1‑274 (MQ=255) gcCCATTTGTCAAGATTTAACATTTGTAGCTTATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGt < 1:367880/275‑1 (MQ=255) aCCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTATGTTTTGTAAAACGGGAGGTACCAGAAAGGACTACGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGCCTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGACCCCGGTGGCTGGCAAAGGTTGCAAACCAGGCgggggg > 1:208286/1‑275 (MQ=255) tattaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCggagtgagat > 2:80106/1‑267 (MQ=255) attaCTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGAGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGCTGCCTGGCGAAAGTTGCACACCAATCggggggtgatc > 2:653293/1‑270 (MQ=255) cacTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAgg > 2:161053/1‑256 (MQ=255) aaCTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTaaaa < 1:206553/142‑1 (MQ=255) aaCTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTaaa < 1:628024/141‑1 (MQ=255) aaCTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCggg < 1:161055/256‑1 (MQ=255) gCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGAGCGGTACCAGAACGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACCACA‑CATAAAGTTGTGGTGACGGGTGCCCCCGGTGCCTGACGAAGATTGCACACAAGGCTTGTGGGTATCCACaaaatttctatt > 2:590640/1‑267 (MQ=255) ttATTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCACTGTTCTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGt < 1:653307/275‑1 (MQ=255) tAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTc < 1:434751/275‑1 (MQ=255) cTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACGACA‑CACAGCATAAAGTTGTNGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACAcgc > 1:580538/1‑275 (MQ=255) tctcCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGTGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTa > 2:552967/1‑147 (MQ=255) cacaAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAAc > 2:307080/1‑126 (MQ=255) cacaAAACAGAGAAGAGCACCTGGGGCCACAGATATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGTAAAAAACTGGTCCCGCCAAGACTaca‑ca < 1:552978/147‑1 (MQ=255) ACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTcacca > 1:80107‑M1/1‑274 (MQ=255) AAAAAAGAGGAGAGTACCTGTGGCCAAAGCTATCAGGATGGTTTGTGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTGTCTGTTTTGTAAAAAGGGAGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACcaca > 1:182551‑M1/1‑274 (MQ=255) AAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGt > 1:307085‑M1/1‑126 (MQ=255) AGAGCACCTGTGGCCACGGCTCTCGGGGTGAGTAGTGTTACTAATCCTTCTTCCGGGTATACTCTGCTCTTTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACATCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTTAGCCGCATTCACCACAACGCTAAgg > 2:208284‑M1/1‑273 (MQ=255) gtgACCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTaaaa > 2:393539/1‑72 (MQ=255) ccACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAggg < 1:393546/72‑1 (MQ=255) tgacgggttaataacccgacccatcctgatagctgtggccacaggtgctcttctctgttttgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAgg > 1:332790‑M2/64‑85 (MQ=255) tgacgggttaataacccgacccatcctgatagctgtggccacaggtgctcttctctgttttgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGAc > 1:490868‑M2/64‑87 (MQ=255) gggttaataacccgacccatcctgatagctgtggccacaggtgctcttctctgttttgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTa < 2:332784‑M2/26‑1 (MQ=255) gggttaataacccgacccatcctgatagctgtggccacaggtgctcttctctgttttgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAg < 2:490859‑M2/28‑1 (MQ=255) tCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTAc > 2:39748/1‑69 (MQ=255) gATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGa < 1:39749/69‑1 (MQ=255) aTGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTtgt > 2:492386/1‑121 (MQ=255) gggTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGCCGGTTGCACACNCGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCCCCACAAAGCTCAGGATTCTCTCTGGTTTAAAAtctgtatcttat > 1:686694/1‑263 (MQ=255) gggTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGGAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTgcgc > 1:697500/1‑217 (MQ=255) gTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTgtggtg < 1:492395/121‑1 (MQ=255) cGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAg < 2:697486/217‑1 (MQ=255) ggTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTAc > 1:338792/1‑56 (MQ=255) attaACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGa < 2:338786/56‑1 (MQ=255) ccGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGt > 2:319886/1‑134 (MQ=255) cGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCGCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATGCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCACCCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCAGTCACCACAACGCGAAGGATTCTGCCAGGTTGAAAATACTTAGACGATGTGTCCCGGTCTTCTcac > 2:134821/1‑275 (MQ=255) cATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTG‑CCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGca < 1:319892/134‑1 (MQ=255) aTACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGNGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTc > 1:575584/1‑275 (MQ=255) tttgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGAAAAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCANTc > 1:523826‑M2/6‑186 (MQ=255) tgtAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTTCGCCTCAAcc > 1:670680‑M2/4‑157 (MQ=255) | ACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACGCAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACA‑CACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTC > CP009273/1196384‑1196906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |