New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1321351 = | 35 (0.870) | 3 (0.080) | 3/292 | NT | 7.6% | coding (243/876 nt) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
? | CP009273 | 1321756 = | 40 (1.060) | coding (648/876 nt) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
AGCTCTATGAGCGAAAAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTA > CP009273/1321103‑1321616 | aGCTCTATGAGCGAAAAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGCTCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCaa < 1:595199/274‑1 (MQ=255) ctctATGAGCGAAAAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTTAAGTTACCCCTGTATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGCGTCCGCTGCACAAATTTTTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGTTGAGTTTTTTACCAGTCACGATCCGGAAGGACGTCCACCg > 1:190545/1‑274 (MQ=255) ctctATGAGCGAAAAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGAACCGGAAGGACGTCCAACg > 1:108041/1‑274 (MQ=255) tctATGAGCGAAGAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTTCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCTAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATTGCAAAATTGCTAAACTCGNCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCaa < 1:629699/271‑1 (MQ=255) aaaaGCTACAAAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGATGTTTGACCGt > 1:737761/1‑275 (MQ=255) tGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCg < 1:300176/274‑1 (MQ=255) tccagtcatatatatgatTGAAGCCGTTCGGGGGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGTGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGGAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTg < 2:108040/262‑1 (MQ=255) ctcacctgactttgacgtttcaccgcacgacgattctgattctccttcattcgacgacggtctttttctacagcgactttagagctgttttctggcgttagctccaccagttcgcgcagatagttagtctgggcgaggtccagctccgtccagccaccgcgtgccagaccttttggcagtgggatatcaCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTgg > 1:37111‑M1/190‑275 (MQ=255) tCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGGGTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGGnggctggcgt > 2:273273/1‑271 (MQ=255) tCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTGGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGc > 1:699475/1‑244 (MQ=255) gtTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGc > 1:638825/1‑216 (MQ=255) aTGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGa < 2:638811/216‑1 (MQ=255) cTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTAccc > 2:682718/1‑138 (MQ=255) cTAAACTCGGCGATCCTGTTGAAGTTACTACTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCATATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAANACTGCGTGGCGCACGCTGGATCGcc > 1:500926/1‑209 (MQ=255) aCTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTaa < 1:682732/138‑1 (MQ=255) cGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATAcc > 2:13070/1‑219 (MQ=255) ttGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCtgtg < 1:13070/219‑1 (MQ=255) gAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGCTGGTGAACTgg > 1:8027/1‑233 (MQ=255) aaaaTCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCg > 2:625033/1‑179 (MQ=255) tCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTg < 1:625047/179‑1 (MQ=255) tttCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtgc < 1:273277/273‑1 (MQ=255) ggagaagcgcctggATTTCGGTACGTGAGGACGCTGAAACGATGTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGCAGGTTAGTGGGGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGCACGGCTGCCAACACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtgcg < 2:158981/261‑1 (MQ=255) aCCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGcc > 2:713138/1‑152 (MQ=255) gATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTgg < 1:713152/152‑1 (MQ=255) gTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCACAACTGCGTGGCGCACGCTGGCTTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGGCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGCTTAATGCACCCAACCCGTGAAGTTGACCGTGAATATGCCGTGCGTGCATTTGGTcctggctcttataa > 1:158983/1‑261 (MQ=255) tgggcgaggtccagctccgtccagccaccgcgtggcagaccttttggcagtgggatatcaCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTctgctgct < 2:252866‑M1/111‑1 (MQ=255) cgaggtccagctccgtccagccaccgcgtggcagaccttttggcagtgggatatcaCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTc > 1:252869‑M1/57‑171 (MQ=255) gtccagctccgtccagccaccgcgtggcagaccttttggcagtgggatatcac < 2:248473‑M1/1‑1 (MQ=255) agctccgtccagccaccgcgtggcagaccttttggcagtgggatatcaCCGTa > 1:248476‑M1/49‑53 (MQ=255) cccacccGGAAGGTGAGTAGGGTACCCGTAACGAGCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATGTCCGGGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGa < 2:199455/269‑1 (MQ=255) aaCCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCgg > 1:112831/1‑36 (MQ=255) ggAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAgg < 2:112830/36‑1 (MQ=255) gAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACg > 2:474484/1‑106 (MQ=255) gAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTgg > 1:199457/1‑262 (MQ=255) gTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTaa < 1:474492/106‑1 (MQ=255) gTGAGTGGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCCCCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACg < 1:133920/184‑1 (MQ=255) gTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTggg > 2:23009/1‑87 (MQ=255) gTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTGATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCaa > 1:233515/1‑146 (MQ=255) gTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGt > 2:476292/1‑169 (MQ=255) gTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAGCGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGACACTGCGTGATTTGAGTCGTTGCGTGCAGTTGGACGATGGTCCGGCAGATTTTa > 1:386395/1‑275 (MQ=255) gTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGACGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCAGTGAAGTTGAACGTGAata > 2:101727/1‑186 (MQ=255) tgtACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGc < 1:23010/87‑1 (MQ=255) tgtACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTGATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGATCTGGCAAACCg < 2:233513/146‑1 (MQ=255) tgtACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGACCTGGCAAGCCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAg < 1:476301/169‑1 (MQ=255) tACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAACACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGt > 1:712233/1‑145 (MQ=255) tACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGt > 2:199995/1‑82 (MQ=255) | AGCTCTATGAGCGAAAAGCTACAGAAAGTGCTGGCGCGTGCCGGCCACGGTTCTCGCCGTGAAATCGAATCTATTATTGAAGCCGGTCGTGTGAGTGTTGATGGCAAAATTGCTAAACTCGGCGATCGTGTTGAAGTTACCCCTGGATTGAAAATCCGTATCGATGGTCACCTGATTTCGGTACGTGAGTCCGCTGAACAAATTTGTCGCGTTCTGGCCTATTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTA > CP009273/1321103‑1321616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |