New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1321351 = | 35 (0.870) | 3 (0.080) | 3/292 | NT | 7.6% | coding (243/876 nt) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
? | CP009273 | 1321756 = | 40 (1.060) | coding (648/876 nt) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCGGTGAAACGTCACAGTCAG‑GTGAGCGGCGGTCGTCGTTCTGGCGGACGTAATAATAACGGTTAATCAAAG > CP009273/1321484‑1321990 | gCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGNCTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGa > 1:562150/1‑275 (MQ=255) tttAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGNGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCa < 1:561361/274‑1 (MQ=255) tgcgtgTAGTTGGGCAGGCTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAATCGTTGCGTGCACGGGGAAGAAGGTCCGGCAGATCTTAACAGCATCAAGGCCAGTGGCGGCAAAGGGATCAAGCAGCGGTACAAGTTGATTGTGAACGAATGCCTTAAACGTTAAGTTATTAGTACGTGGGACGCGGTTGGTGTGCCCGTGACACGCCTAATCATAGTTCGATACGGTGACATCTCCCGGCCACAAGTTCGCCTCCGCGGTGGCAGTACgaatcgttc > 2:500557/1‑266 (MQ=255) cGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTATTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCt > 1:390498/1‑236 (MQ=255) aTGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATTAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGc < 1:15471/274‑1 (MQ=255) tagTCCGGGAGCTTTGAAGACCCTCGAGTGCAGCGGAGGGGAAGGGATCGACCAGGGGTACAAGGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACGGTGAAGTTGGTCGTGTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGc < 2:320145/271‑1 (MQ=255) gTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTa > 1:248438/1‑275 (MQ=255) cAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGc > 1:203293/1‑185 (MQ=255) ttttAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGa < 2:203291/185‑1 (MQ=255) aTCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATAGCCCACTGCCAAANGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTAGCAt > 1:627796/1‑275 (MQ=255) gcgAAGGGATTAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGGGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAg > 1:737729/1‑216 (MQ=255) gaacagcagcagaccacaggtattaacgtccaagcgacccacggcaatccagcgtgcgccacgcagttttggcagacggtcaaacaccgttggacgtccttccggatcgttacggTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCg > 1:252869‑M2/116‑171 (MQ=255) aGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGGGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAAc < 2:737715/216‑1 (MQ=255) aGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAAc < 1:306660/216‑1 (MQ=255) agcagcagaccacaggtattaacgtccaagcgacccacggcaatccagcgtgcgccacgcagttttggcagacggtcaaacaccgttggacgtccttccggatcgttacggTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCa < 2:252866‑M2/60‑1 (MQ=255) aaCCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGatat > 2:499114/1‑113 (MQ=255) aGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCa < 1:499123/113‑1 (MQ=255) cAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTATGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGCCTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGACCTACCGCCAGAACACAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAAACAACTACGCTGAGCGGTGNAACgaagcc > 2:288452/1‑270 (MQ=255) aCGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCGGTGAAACGTCACAGt > 1:730109/1‑275 (MQ=255) ccaagcgacccacggcaatccagcgtgcgccacgcagttttggcagacggtcaaacaccgttggacgtccttccggatcgttacggTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGGCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTAACGCCAGAAAACAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGAATGAAGGAGAATCAGAATCGTCGTGCGGTGAAACGTCAAAGTCAG‑GTGAg > 1:37111‑M2/87‑275 (MQ=255) aCCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGatat > 1:372658/1‑89 (MQ=255) aaGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCa < 2:372651/89‑1 (MQ=255) aaGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCCGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGc > 2:243393/1‑116 (MQ=255) ccGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCCGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGa < 1:243396/116‑1 (MQ=255) tGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGata > 1:613030/1‑71 (MQ=255) gTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATccc < 2:613017/71‑1 (MQ=255) gagtggtcTGGGGGAGGCGGTGGGGGGGCGGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGGGATATCCCACTGCCAAAAGGTCGGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGACCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCTGTGAAACGTCACAGTCAG‑GTGAGCGGCGGTCGTCGTTCTGGCGGACGt < 2:627782/269‑1 (MQ=255) cgttgtCTGCGGGAAGAGGTTGGTGTGCAGCTCAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGATGATATCCCACTGCTAAAAGGTCTGAAACGCGCTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCATACTAACTATCTGCGCCAACTGGTGGAGCTAGCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGACGAACAAAACCGAAGCCGCATGAAGGGAAATAAGAATCCTCGTGCGGTGAAAGGTCCGAGACAGAGTGAG‑GGCGGCTGTCGTTCggggggcgctag > 2:335744/1‑269 (MQ=255) cgtcgtCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGaaaa > 2:379003/1‑185 (MQ=255) cgtcTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCaaa > 1:392863/1‑74 (MQ=255) gtcTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCGGTGAAACGTCACAGTCAG‑GTGAGCGGCGGTCGTCGTTCTGGCGGACGtaataat < 2:730095/275‑1 (MQ=255) gtcTGTGCGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGAc < 1:379010/185‑1 (MQ=255) tgtgGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGt < 2:392856/74‑1 (MQ=255) gggAAGCGGTTGTTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGAGTCGTCGTGCGGTGAAACGTCACAGTCAG‑GTGAGCGGCGGTCGTCGTTCTGGCGGACGTAATAAGAACgg < 1:269546/274‑1 (MQ=255) ttGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCAcgcg > 2:682239/1‑72 (MQ=255) ttGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGc > 1:131692/1‑77 (MQ=255) ttGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCAGGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCGGCGAAACGTCACATGCAG‑GTGAGCGGCGGGGGTAGTTCTGGCGGACGTAATAATAACGGntgagccaag > 2:269542/1‑267 (MQ=255) tgtgCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTgg < 1:682253/72‑1 (MQ=255) tgtgCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGa < 2:131691/77‑1 (MQ=255) ggTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACtggtgg > 1:689532/1‑116 (MQ=255) aGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCt < 2:689518/116‑1 (MQ=255) aGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAg > 2:114455/1‑124 (MQ=255) ccgccTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCg > 1:169380/1‑140 (MQ=255) gccTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAAc < 1:114456/124‑1 (MQ=255) cTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGt < 2:169378/140‑1 (MQ=255) tacggTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCt > 1:248476‑M2/6‑53 (MQ=255) gTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGAc < 2:248473‑M2/52‑1 (MQ=255) | GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACCATCAAGTTCAGCGGCGGCGAAGGGATCAACCAGTGGTACAACGTGACTCTGACCGAAGGCCGTAACCGTGAAGTTCGTCGTCTGTGGGAAGCGGTTGGTGTGCAGGTGAGCCGCCTGATCCGTGTTCGTTACGGTGATATCCCACTGCCAAAAGGTCTGCCACGCGGTGGCTGGACGGAGCTGGACCTCGCCCAGACTAACTATCTGCGCGAACTGGTGGAGCTACCGCCAGAAACCAGCTCTAAAGTCGCTGTAGAAAAAGACCGTCGTCGCATGAAGGCGAATCAGATTCGTCGTGCGGTGAAACGTCACAGTCAG‑GTGAGCGGCGGTCGTCGTTCTGGCGGACGTAATAATAACGGTTAATCAAAG > CP009273/1321484‑1321990 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |