New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 1422232 | 36 (0.900) | 3 (0.080) | 3/292 | NT | 7.8% | noncoding (820/1196 nt) | IS5 | repeat region |
? | CP009273 | = 1422351 | 37 (0.980) | noncoding (701/1196 nt) | IS5 | repeat region |
CTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATC > CP009273/1421966‑1422503 | cTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACAAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCAACCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGGTTTGTTCTTTGGCGGAGTTNTCTTTAAGtttt > 2:549146/1‑273 (MQ=17) ggTTTTTACTGAGATCTCTGCCACTGACTTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTAGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGGAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGCTGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCACGGTTTTTACCTTGCCGTGACTCTCGGCGATCAGCCAGt > 1:587902/1‑274 (MQ=255) gggcactctcCCACTGCCGTATCATTTGGTCCCACCGAACCAGGTTGGCCAGGGTGAATACCATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 2:237930/270‑1 (MQ=255) gagaTCTCTCCCACTGTCGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGNCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 1:549157/275‑1 (MQ=255) gaTCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCt > 1:254406/1‑274 (MQ=255) tctctcCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGCTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCTCTTGATGATGCGACACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCGGGGGGGCACGGGGCTGAGGAAGTCCACCTcccactc > 2:704277/1‑268 (MQ=14) tcCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAg < 2:254403/275‑1 (MQ=255) aTCATTTGGTCCACCCGAAACAGTTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGGTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAACCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGTGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCt > 1:81984/1‑274 (MQ=255) aTAACATCGTCAGTTGGTTTTCGTTTTTCAGTAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATTCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGTCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgtcccggca < 1:740075‑M1/275‑108 (MQ=255) aTAACATCGCAAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGAGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCGGCGACACAt > 1:720668/1‑275 (MQ=255) 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1:108229‑M1/169‑52 (MQ=255) tCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcg < 2:426475/192‑1 (MQ=255) agCCTCTTGTTGTTGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTTTTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGNCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGAc < 1:623975/274‑1 (MQ=255) gatgatGCGATACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCt < 1:443119/193‑1 (MQ=255) gatgatGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGCCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGACATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCtg > 1:44479/1‑274 (MQ=255) gCTTTCATGTATTCGTTGTTGATTACCGTGTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCACCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCCCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCAtga < 1:516217‑M2/177‑4 (MQ=255) gTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCTGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACGAATGTGGGCCTTCATGCCa < 1:592857/274‑1 (MQ=38) aTTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGCTTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTNATTGAGGTNATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCGGGCTGTGGGTCAGGCCACACTTGGCATCGACACCAATGATGGCCTTCATGCCaaa > 1:478014/1‑274 (MQ=255) aTTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTTGGCGAt > 2:303050/1‑76 (MQ=255) aTTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATc > 2:106273/1‑91 (MQ=255) gATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTTGGCGATCAGc < 1:303055/76‑1 (MQ=255) gATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 1:106274/91‑1 (MQ=255) tGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGc > 2:169287/1‑176 (MQ=255) ttGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCTACTg < 1:5202/275‑1 (MQ=38) gATGGCCGTTTTGTTGTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCg > 1:518219/1‑88 (MQ=255) gATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGAt < 1:169289/176‑1 (MQ=255) aTGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCa > 1:540638/1‑153 (MQ=255) tccGTTTTGTTCTTGCGCTGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCCCCNCGGCCAGCNCCTCGCGCTGTGACGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCTATGTGGGACTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGc < 1:477997/273‑1 (MQ=255) gCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 2:518210/88‑1 (MQ=255) ccGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCAtgaa > 2:540628‑M2/1‑149 (MQ=255) cGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATTTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCtt > 1:93765/1‑275 (MQ=38) cGTTTTCTTCTTACGCGCATTCTGCTTCAAGGCTTTTACCTTGCCGCGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGTTCATCTCCTCGCGCGGTGGCGCCCATTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGCTGGCACCAGCGTTGACCAGGCGGTGGGAGAGGCGACTCTTGGCATCGCAACGCATGTTGGCCTGCATGCCACAGCGCCACGGATGGCCtg > 2:19932/1‑274 (MQ=11) ttCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATc > 1:27257/1‑54 (MQ=255) tGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGcc < 2:27256/54‑1 (MQ=255) gcgcGGATTCTGCTTCCAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGGTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACCCCAATGTGGGCCTACATGCCAAAGTGCCACTACTTGCCTTTCTTGGTCTGa > 1:239561/1‑274 (MQ=255) gtgatctgcTTCAtagcggggatcaatttgtaccagacgagtgtggctaccaaggagcgccacggcgcgaggagctggccgcggtggatttggactggctgatcgccgagcgtcccggcaaggtaaaaaccttgaagcagaatccgcgcaagaacaaaacggccatcaacatcgaatacatgaaagccagcatccgtgccagggtggagcacccgtttcgcatcatcaagcggcagttcggcttcgtgaaagccagatacaaggggctgctgaa < 1:279292‑M1/270‑262 (MQ=255) ggATTCTTCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCGGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAt < 1:54125/214‑1 (MQ=255) tGCTTCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgt > 1:571630‑M1/1‑7 (MQ=255) ttCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggactggctgatcgccgagcgtcccggcaaggtaaaaaccttgaagcagaatccgcgcaagaacaaaacgg > 2:540628‑M1/1‑4 (MQ=255) tCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgggaggagctggccgaggtggatgtggactgggtgatcgccgagcgtcccggcaaggtaaaaaccttgaagcagaatccgcgcaagaacaacacggtaatcaacaacgaatacatgaaagc < 1:516217‑M1/177‑175 (MQ=255) tCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggac > 1:233544‑M1/1‑3 (MQ=255) tCAtggagaggagcaatttgtctcagccgatgccggctaccaaggagcgccacagcgcgaggagctggccgaggtggatgtggac < 2:571617‑M1/85‑83 (MQ=255) aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGATCGGTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCATTTCTTGGTCTGATGCaacacgcaaac > 1:601136/1‑262 (MQ=255) | CTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATC > CP009273/1421966‑1422503 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |