New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3515028 | 25 (0.620) | 8 (0.210) | 4/292 | NT | 22.4% | coding (304/540 nt) | hofN | DNA catabolic putative fimbrial assembly protein |
? | CP009273 | = 3515380 | 32 (0.850) | coding (731/780 nt) | hofM | DNA catabolic putative pilus assembly protein |
TGGCGGAGGCGGGGTGATGTGGCGAACCACCAGTCAAAGAACATGTTCATCGCTAACCTTCCTTGTTAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACGCAGTATTAGCGTTATCCCGACGGCCAGCAGCAGAGGCGCAACGAACATCAGCAACCAGAAACGCAGAAAAGCGGTCCGGCGTTG > CP009273/3514759‑3515295 | tGGCGGAGGCGGGGTGATGTGGCGAACCACCAGTCAAAGAACATGTTCATCGCTAACCTTCCTTGTTAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGc < 1:214513/273‑1 (MQ=255) accaccAGTCAAAGAACATGTTCATCGCTAACCTTCCTTGTTAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCggg < 1:591041/274‑1 (MQ=255) cGCTAACCTTCCTTGTTAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGc > 1:330878/1‑275 (MQ=255) ttAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGt < 1:325872/275‑1 (MQ=255) aTACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAActgct < 1:167168/275‑1 (MQ=255) aGCGTCCCTGTGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGTAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCaa > 1:733725/1‑274 (MQ=255) cccTCTGATTGGGATGAAAAGCTGCCTCCTGGCTGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACTCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCg < 2:330872/275‑1 (MQ=255) aTTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTTCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCATCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttggtaaggcgtactgctgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttcttcgtttctggttgctgctgttct > 2:730454‑M1/1‑147 (MQ=255) agaTGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCGAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAgttgttgtt < 1:381242/274‑1 (MQ=255) ccaGATGACTCCTGGCGGAGGGACGTTTCTAGTGCGTTTACCGCTGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGGTCACCAGCTTTCCCTGTTGCCAGCTTATCGTTGTCAGACAGGCGTGCTCGGGGTAAAGCGCGGCCAGTGCTTCCCGCGCAGATTGCCAGTCGCGTGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTGGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAAGGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTg < 2:719757/273‑1 (MQ=255) gCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCATGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTTGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCg < 1:411372/274‑1 (MQ=255) gTGACGTTTCGAGTTCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcgggat < 1:730468‑M1/274‑157 (MQ=255) aGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTCAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGACTGCAGCAAAACTACGTCAATGAGCGATCCGgc > 1:128555/1‑275 (MQ=255) ccgtcTTGTGCTCAGCCCCGTGTGCTCCGGCTGTCCCTTCTGCCTGCTTTTCTTGGGCAGCCAGGCTTGCTCGTGTAAAAGCGCCGCCAGTGCGTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTTGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACg < 2:128554/269‑1 (MQ=255) tttgttgTCAGCCCCTTGAGCGCCAGCGTTCCCTGCTGCCATCTTAGCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGGGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACGCAGTAt < 2:733711/274‑1 (MQ=255) tGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGTGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTTCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACGCAGTATTAGCGTTATCCCGACg < 1:400552/275‑1 (MQ=255) tcCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcggg > 2:186742‑M1/1‑65 (MQ=255) tcCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcg > 1:488582‑M1/1‑65 (MQ=255) tcCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcccctgctgctggccgtcggg > 1:211118‑M1/1‑65 (MQ=255) tcCAGCGTTCCCTGCAGCCAGCTTGTCGCTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgntgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcg > 1:512000‑M1/1‑65 (MQ=255) gCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcgggataa < 1:186744‑M1/219‑159 (MQ=255) gCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGgtggagactttgccatcgcgctggggctggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcgggat < 2:488573‑M1/217‑157 (MQ=255) gCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTTTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGACCGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCaaa > 2:444902/1‑152 (MQ=255) tCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTg < 1:444909/152‑1 (MQ=255) agtGTCAGCCAGGCGTGCTCTGTTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGNGCTGCCGTNGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCATGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACGCAGTATTAGCGTTATCCCGACGGCCAGCAGCAGAGGCGCAACGAACATCAGCa < 1:496573/272‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAAtt > 2:446041/1‑69 (MQ=255) cAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCATTGCTGCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCACTTCCGTCGCGAACGCTGGTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGGAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCaa > 2:498859/1‑177 (MQ=255) ccAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCg < 1:446048/69‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGCCGAGTCGTTGTTCTGCCTGAAGCAAAACt < 1:498868/177‑1 (MQ=255) cGTGCTCGGGAAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCGGCCGTTGCGAACGCGGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTACAGCAAACGAGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGGTCCGCCTGAAGAAAAACTGCGGCTATGCGAGCTTCGGCGCTGCCTGGCAGACGCAGTATTAGCGTTATCGCGACGGCCAGCAGCAGAGGCGAANCAAAAATCACCAACaaaaaaatcctt > 2:496564/1‑269 (MQ=255) gTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCt > 1:37123/1‑179 (MQ=255) aaGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCgg < 2:37122/179‑1 (MQ=255) ccgccgGgtggaggctttgccctcgcgctggggcgggcgcttgggaaggcgtactgatgaacccgccaattaattttttgccctggcgacagcaacgccggaccgcttttctgcgtttctggttgctgatgttcgttgcgcctctgctgctggccgtcgggataacgctaatactgcgtctgacaggcagcgccgaagcgcgcatagacgcagttttgcttcaggcggaacaacaactcgcccgcagcttacagataacgaagccacgtttgct < 2:296623‑M1/274‑268 (MQ=255) cgccAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCATTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAACCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCa > 1:425219/1‑185 (MQ=255) cgccAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGTCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGc > 2:124468/1‑179 (MQ=255) aGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGt < 1:124469/179‑1 (MQ=255) aGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAACCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACg < 2:425212/185‑1 (MQ=255) | TGGCGGAGGCGGGGTGATGTGGCGAACCACCAGTCAAAGAACATGTTCATCGCTAACCTTCCTTGTTAACTGATACTCAAATTGCCAGCGTCCCTGCGCATCCTGCTGCGTGGCTCCCCGCTGATTGAGATGAAAAGATGCATCCTGGCGGAGTGACGTTTCTAGTGCGTTTAACGCGGTAATGCTTGTTGTCAGCCCCTTGATCTCCAGCGTTCCCTGCTGCCAGCTTATCGTTGTCAGCCAGGCGTGCTCGGGTAAAAGCGCCGCCAGTGCTTCCAGCGCAGATTGCCAGTCGCGGGTAAATTGTCGCTGGCGCTGCCGTTGCGAACGCTGTTCGCGTAACTGCTGTTGCTCCAGCAAACGTGGCTTCGTTATCTGTAAGCTGCGGGCGAGTTGTTGTTCCGCCTGAAGCAAAACTGCGTCTATGCGCGCTTCGGCGCTGCCTGTCAGACGCAGTATTAGCGTTATCCCGACGGCCAGCAGCAGAGGCGCAACGAACATCAGCAACCAGAAACGCAGAAAAGCGGTCCGGCGTTG > CP009273/3514759‑3515295 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |