New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3767625 | 26 (0.650) | 6 (0.160) | 4/294 | NT | 19.6% | noncoding (30/99 nt) | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
? | CP009273 | = 3767659 | NA (NA) | noncoding (64/99 nt) | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
AAGAAGAAGATGACATTGCCCGTCTGGTGATTGGTATTGCTGCCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTAATACTATGAAAGCATTACATTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGA > CP009273/3767382‑3767875 | cagaagaagaTACCGCTTCCCCTCTGGTGATTGTTATTGCTGCCCGTACCAACGAGCACATTCAGTTTATCACCAGCCTGCCCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCTCACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCGGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAGTCCAATCCCCCCCTCTCCACGTGGGGTAGGTGAGGTTAATTGCCTGCTGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCTTCACAATTTGTGGTATTTGCACg < 2:213258/273‑1 (MQ=255) tGCCCGTCTGGTGATTGGTATTGCTGCCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCACCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGACTTTGCACGTTCTTGTAGGCCgaac > 2:211635/1‑271 (MQ=255) tgctgcCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCACCCCCTCTCCACCTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTCTCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTTTCGGCCGGATCAGGCGCtttntgcccacccc > 2:60017/1‑262 (MQ=255) ctgcCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCCATGCACCGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCCGGTCGTAAGTAATCCACTCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGTGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAACTTGACCGTTCTAGTAGTCCGGATAAGGCGCTTCATNCGCCTCCGgc > 2:73497/1‑274 (MQ=255) ccGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCttc > 1:49299/1‑273 (MQ=255) aggtacagcttttaGGTTATAACCAGACTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGGCATCGAGCGTCTGGCACAAACCACCAGCGTGGATGAAGGGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc < 1:146097/262‑1 (MQ=39) ttATCAGCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATTGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGCATTTGCACGTTCTTGTAGGACGGATAATGGGCTTACGCCGAATCAGGCGCCNCACCTCTCCacactacaagtgtt > 2:437223/1‑264 (MQ=255) aCCAGCCTGACCAATGCACTGGAGGATGAGTCCGGCATCGAGCGTCGGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTg < 1:60018/275‑1 (MQ=255) cAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGATTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGCTGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTggtgga > 1:430129/1‑270 (MQ=255) gCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTCCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAAtt > 1:76680/1‑193 (MQ=255) gACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCa < 2:76679/193‑1 (MQ=255) ggATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCa < 1:211637/274‑1 (MQ=255) cATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCGGGAACTGCTGGCATGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTaaa < 1:73498/274‑1 (MQ=255) aGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTACAAACATTGATGAAGGTTAATACTATGa < 1:437230/275‑1 (MQ=255) tgctgGCAGGTCCTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGGGAAGGTGGGTTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTAATACTATGAAAGCATTACATTTTGGCGCAgg < 1:321371/275‑1 (MQ=255) cccTCTCCGCATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAgg > 2:109747/1‑166 (MQ=255) ctcCGCATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGaaa < 1:109748/166‑1 (MQ=255) tGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTtgtaggcc < 1:140454‑M2/92‑9 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaat > 1:634639‑M1/1‑46 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGAt < 2:140453/92‑1 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCATGATGCGCTACACTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaaca > 2:97141‑M1/1‑46 (MQ=255) aGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGt > 2:61387/1‑195 (MQ=255) gTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaattgtg < 2:634625‑M1/68‑27 (MQ=255) gTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaatt < 1:97142‑M1/65‑24 (MQ=255) ggggTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTAAt < 1:61388/195‑1 (MQ=255) ttGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATg > 2:545499/1‑37 (MQ=33) gCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTNCAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTCATACTATGAAAGCATTACATTTTGgcgc < 1:526037/211‑1 (MQ=255) cTGATTCGCTACACTTATCAGGCCTACAGGACGGATCACAATTTGTAGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCCATGCTCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTGGGGTGAGGGAAAAGCCTCCCCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAAACTTGATGAAGGTTAATACTATGAAAGCATTACATTTTGGCGAATGAAATAACGGT‑‑AGAC‑TTATCGGAAAACTGCTGGCAACCGCGGGTAGCGACCACACGTTTGccta > 2:50315/1‑273 (MQ=255) cTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATc < 1:545510/37‑1 (MQ=255) tGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaat > 1:563781‑M1/1‑27 (MQ=255) tGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCAGCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCACAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTAATANTATGAAAGNATTACAtttt > 1:476673/1‑203 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaattgtg < 2:563769‑M1/49‑27 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGACTACATGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACTCCGCAGCCTGCCCTGCCCCTCTCCTCACGGGGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGCACGTTAATCCTATGAAAGCATTACATTTTGgcg < 2:476664/203‑1 (MQ=255) aGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCatc > 2:716512/1‑88 (MQ=255) ggCCTACAagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtaggcctgataagcgtagcgcatcaggcaattaaccccaccttctcca < 1:140454‑M1/92‑85 (MQ=255) cTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTCCCCATctcct < 1:716526/88‑1 (MQ=255) tACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGcc > 1:41733/1‑128 (MQ=255) | AAGAAGAAGATGACATTGCCCGTCTGGTGATTGGTATTGCTGCCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAAACATTGATGAAGGTTAATACTATGAAAGCATTACATTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGA > CP009273/3767382‑3767875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |