New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 432418 | 15 (0.370) | 4 (0.100) | 4/296 | NT | 14.7% | coding (374/519 nt) | pgpA | phosphatidylglycerophosphatase A |
? | CP009273 | = 432689 | 32 (0.840) | coding (903/975 nt) | yajO | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
CTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATCTGTATCGGCGTCTATCTTTGTCATCAAACGGCGAAAGACATGGGTGTGCACGATCATGGCAGCATTGTCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAA > CP009273/432171‑432686 | cTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATCTGTATCGGCGTCTATCTTTGTCATCAAACGGCGCAAGACATGGGTGTGCACGATCATGGCAGCATTGTCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTgggt > 1:158546/1‑273 (MQ=255) tATCTTTGTCATCAAACGGCGAAAGACATGGGTGTGCACGATCATGGCAGCATTGTCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATggc > 2:60906/1‑204 (MQ=255) tttGTCATCAAACGGCGAAAGACATGGGTGTGCACGATCATGGCAGCATTGTCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCa < 1:60907/204‑1 (MQ=255) tCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGa > 2:538203/1‑120 (MQ=255) gcccattgtttATTGGTTTGTGTATATCGCTCTTGGCGTTGCCGACCAATGACTTGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGTTCCCCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGAATGTGGATCATGATCGACGCTATTGTCGCCGGGGTGCTTTCCGCCGGCATCCTGTATTTTATCGCTCATCACTGGCCGCAGGTTATTCTGTCGTACTTGTGCACCGACGCCGGATGTGACGCTTGt < 2:228634/267‑1 (MQ=255) ggACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCg < 1:538213/120‑1 (MQ=255) gagtgtcTGGCAGTGGGTTGCCGGCGGGTTTGTGGTTTTCCGTATTCTGGAGATGGGGAATCCGTGGCCGTTCCGCTGGTTTGTTCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGTTATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGAt < 2:158544/269‑1 (MQ=255) tGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATcactttgaagccggaacagattgccgaactggaaacgccgtataaaccgcatcctgtcgtaggatttaa > 1:383441‑M1/1‑47 (MQ=255) ggCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATcactttgaagccggaacagattgccgaactggaaacgccgtataaaccgcatcctgtcgtaggatttaaataagagtccaggcctgat > 1:371666‑M1/1‑46 (MQ=255) aGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATcactttgaagccggaacagattgccgaactggaaacgccgtataaaccgcatcctgtcgtaggatttaaataa < 2:383434‑M1/116‑74 (MQ=255) gTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATcactttgaagccggaacagattgccgaactggaaacgccgtataaaccgcatcctgtcgtaggatttaaataagagtccaggcctgatgaga < 2:371659‑M1/134‑93 (MQ=255) ttGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGAt > 1:726699/1‑94 (MQ=255) cgccgGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATg < 2:726685/94‑1 (MQ=255) ttCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTtg > 2:13497/1‑165 (MQ=255) tCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGACCGATCCGCTGGTTTGATCGCCATGTGAATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGAGTATTCTGGCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTAATCAGGCCCGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTCTACGGCGTTTCCAGTTCGGCACTCTGttgc > 1:655527/1‑273 (MQ=255) gTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAgg > 1:461194/1‑109 (MQ=255) gTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCa < 1:13497/165‑1 (MQ=255) tCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATc < 2:461187/109‑1 (MQ=255) tGGATTTGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa < 1:345688/275‑1 (MQ=255) gATATcactttgaagccggaacagattgccgaactggaaacgccgtataaaccgcatcctgtcgtaggatttaaa < 1:724049‑M1/75‑71 (MQ=255) atGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGTTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTg > 2:269193/1‑125 (MQ=255) atGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAgg > 2:188235/1‑98 (MQ=255) | CTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATCTGTATCGGCGTCTATCTTTGTCATCAAACGGCGAAAGACATGGGTGTGCACGATCATGGCAGCATTGTCTGGGACGAATTTATTGGTATGTGGATCACGCTCATGGCGCTGCCGACCAATGACTGGCAGTGGGTTGCCGCCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAA > CP009273/432171‑432686 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |