New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1124436 = | 31 (0.770) | 8 (0.210) | 5/292 | NT | 26.6% | coding (1142/1536 nt) | murJ | putative peptidoglycan lipid II flippase |
? | CP009273 | 1124498 = | 15 (0.400) | coding (1204/1536 nt) | murJ | putative peptidoglycan lipid II flippase |
TCGCTGTCGAAAAGTTTTGCCAGTGGCAATCATGATGAATACAACCGTTTGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCG > CP009273/1124162‑1124666 | agtacgcggcaccccccgccagcacgaccgccattaaacgcagtaaacgccagggcatggtacccaatgaccactccggcatnatatgtaanatacctaaaagcccgccagacatcaccagtaccgccaccaccagacgcaacagaaacgccatccagccgggttgcggggtaaagattttctgcttacgcaactgccagtaaagcagcgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgaccgcccggcatgtttcaacggaccaata > 1:473930‑M1/275‑275 (MQ=255) aggTCGAAAAGTTTTGCCAGTGGCAATCATGATGGATACAACCGTTTGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTTTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTCGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTaaaa < 1:589937/272‑1 (MQ=255) ttGCCAGTGGCAATCATGATGAATACAACCGTTTGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGAGTGTAGTGTAAGTGTTGGCTGCTGGCTTTTGTTCCCGCCATGACATTAAAActgcgtttagggtt > 2:589924/1‑262 (MQ=255) tCATGATGCATACATCCGTTTGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCNGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATACCCGCCAGGACATTACAACGCCAGTGACAATTGCCATCGTTACg < 1:549503/274‑1 (MQ=255) tttGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTAGGCTGATGGACACGCAAttta > 2:146655/1‑273 (MQ=255) ttGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATtga < 1:146656/274‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGTGGGTTGCGTTTTTGTTTCCGGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATtgat < 1:98132/274‑1 (MQ=255) gtctgtggtggggTTGGGCATTCTTTCTGGTCCGTTGACCGGTGCGGTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCATACTCGGTGGGTTTCGTTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTGGAAACATGCCGGGCTGTCa < 1:583082/262‑1 (MQ=255) gcacgccagacatcaccagtaccgccaccaccagacgcaacagaaacgccatccagccgggttgcggggtaaagattttctgcttacgcaactgccagtaaagcagcgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 2:182715‑M1/39‑1 (MQ=255) gccagacatcaccagtaccgccaccaccagacgcaacagaaacgccatccagccgggttgcggggtaaagattttctgcttacgcaactgccagtaaagcagcgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCa > 1:182717‑M1/169‑211 (MQ=255) taccgccaccaccagacgcaacagaaacgccatccagccgggttgcggggtaaagattttctgcttacgcaactgccagtaaagcagcgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaata < 2:530161‑M1/1‑1 (MQ=255) gccaccaccagacgcaacagaaacgccatccagccgggttgcggggtaaagattttctgcttacgcaactgccagtaaagcagcgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagaccggcatgtttcaacggaccaatAAACg > 1:530170‑M1/150‑154 (MQ=255) cGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAAcc > 2:191035/1‑197 (MQ=255) ttCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGAtt > 1:373223/1‑175 (MQ=255) tCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGc < 1:191037/197‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 2:373216/175‑1 (MQ=255) gTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTTTCAATTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGGCTGAATGCTTCGCGGCTTTACTGGCGGTGGCggag > 2:677704/1‑271 (MQ=255) tttcgcgcgTTTGTTGCGCTGATGACCCATCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGGTTGATTTGCCTGTATGTAGTGAAATTTTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCTCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGaa < 2:708491/270‑1 (MQ=255) aCCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGTTCTGGCGGCGGGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTACGTAGgaaa > 2:728908/1‑274 (MQ=255) tttGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTTCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGACTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTa < 1:728922/274‑1 (MQ=255) cTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa > 1:352641/1‑139 (MQ=255) tgaCCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCa < 2:352635/139‑1 (MQ=255) cgaagcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 2:135700‑M1/39‑1 (MQ=255) gcattcagacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCa > 1:135701‑M1/63‑105 (MQ=255) agacacgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 1:479093‑M1/39‑1 (MQ=255) gCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTgg > 1:397112/1‑121 (MQ=255) cTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTa > 1:265827/1‑79 (MQ=255) acgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCa > 2:479084‑M1/53‑95 (MQ=255) cgccgccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 1:8873‑M1/39‑1 (MQ=255) gATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCg < 2:397105/121‑1 (MQ=255) aTTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTaaaa > 2:511748/1‑52 (MQ=255) ttGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATAGTTACGCt < 2:265823/79‑1 (MQ=255) gccagaccaatagaaagtgacagcccggcatgtttcaacggaccaatAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCa > 2:8873‑M1/48‑90 (MQ=255) tAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGGTTTTTCTTCCGCCGGGACATTAAAACGcc < 1:511757/52‑1 (MQ=255) gtgtAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTNGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCg < 1:677718/274‑1 (MQ=255) aaaGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCa > 2:329067/1‑61 (MQ=255) aaGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCaa > 1:41581/1‑83 (MQ=255) aaGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCaa > 1:308656/1‑83 (MQ=255) tgtTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGt < 1:329073/61‑1 (MQ=255) gtTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATtga < 2:41580/83‑1 (MQ=255) gtTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATtga < 2:308651/83‑1 (MQ=255) gCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGAtt > 1:534645/1‑47 (MQ=255) gCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGaa > 1:361745/1‑64 (MQ=255) ggACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTaa < 2:534636/47‑1 (MQ=255) ggACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTg < 2:361738/64‑1 (MQ=255) aTTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTc > 1:679001/1‑196 (MQ=255) tAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAAc > 1:381476/1‑42 (MQ=255) AAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGtt > 2:678987‑M1/1‑196 (MQ=255) | TCGCTGTCGAAAAGTTTTGCCAGTGGCAATCATGATGAATACAACCGTTTGATGGACTGGGGGTTGCGTCTTTGTTTCCTGTTGGCGCTGCCGAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCG > CP009273/1124162‑1124666 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |