New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1124436 = | 31 (0.770) | 8 (0.210) | 5/292 | NT | 26.6% | coding (1142/1536 nt) | murJ | putative peptidoglycan lipid II flippase |
? | CP009273 | 1124498 = | 15 (0.400) | coding (1204/1536 nt) | murJ | putative peptidoglycan lipid II flippase |
GAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCATTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGCGGTCGTGCTGGCGGGGATTGCCGCGTACT > CP009273/1124254‑1124771 | gtctgtggtggggTTGGGCATTCTTTCTGGTCCGTTGACCGGTGCGGTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCATACTCGGTGGGTTTCGTTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTGGAAACATGCCGGGCTGTCa < 1:583082/262‑1 (MQ=255) gTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTTTCAATTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGGCTGAATGCTTCGCGGCTTTACTGGCGGTGGCggag > 2:677704/1‑271 (MQ=255) tttcgcgcgTTTGTTGCGCTGATGACCCATCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGGTTGATTTGCCTGTATGTAGTGAAATTTTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCTCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGaa < 2:708491/270‑1 (MQ=255) aCCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGTTCTGGCGGCGGGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTACGTAGgaaa > 2:728908/1‑274 (MQ=255) tttGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTTCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGACTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTa < 1:728922/274‑1 (MQ=255) gCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTgg > 1:397112/1‑121 (MQ=255) gATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCg < 2:397105/121‑1 (MQ=255) gtgtAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTNGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCg < 1:677718/274‑1 (MQ=255) aTTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTc > 1:679001/1‑196 (MQ=255) AAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGtt > 2:678987‑M1/1‑196 (MQ=255) aTTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAAt > 1:364453/1‑108 (MQ=255) ccATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCtt < 2:364446/108‑1 (MQ=255) tgcgttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTggc > 2:8873‑M2/44‑90 (MQ=255) tgcgttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCgt > 2:479084‑M2/44‑95 (MQ=255) tgcgttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGc > 1:135701‑M2/44‑105 (MQ=255) tgcgttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGc > 1:182717‑M2/44‑211 (MQ=255) ttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGgcggcg < 1:8873‑M2/51‑1 (MQ=255) ttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCt < 1:479093‑M2/56‑1 (MQ=255) ttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCg < 2:135700‑M2/66‑1 (MQ=255) ttaaaatcagcgtaacgatggcaattttcactggcgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGc < 2:182715‑M2/172‑1 (MQ=255) aCGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTg > 2:196980/1‑81 (MQ=255) tGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTggcgg < 1:196982/81‑1 (MQ=255) tGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGc < 1:347245/200‑1 (MQ=255) aCGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACttt > 2:313451/1‑58 (MQ=255) aaTTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTAt < 1:313456/58‑1 (MQ=255) cgtttATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGTCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGc > 1:530170‑M2/6‑154 (MQ=255) tATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTa < 2:530161‑M2/153‑1 (MQ=255) tATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCGGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGGGCTTTTAGGTATNTTACATATNATGCCGGAGTGGTCATTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGCGGTCGTGCTGGCGGGGGGTGCCGCGTACt > 1:473930‑M2/2‑275 (MQ=255) | GAGTGCGGTTGCGTTGGGCATTCTTTCCGGTCCGTTGACCGTTTCGCTGTTCCAGTACGGTAAATTTACCGCGTTTGATGCGCTGATGACCCAGCGGGCGTTAATTGCCTACTCGGTGGGTTTGATTGGCCTGATTGTAGTGAAAGTGTTGGCTCCTGGCTTTTATTCCCGCCAGGACATTAAAACGCCAGTGAAAATTGCCATCGTTACGCTGATTTTAACGCAATTGATGAACCTGGCGTTTATTGGTCCGTTGAAACATGCCGGGCTGTCACTTTCTATTGGTCTGGCGGCGTGTCTGAATGCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCATTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGCGGTCGTGCTGGCGGGGATTGCCGCGTACT > CP009273/1124254‑1124771 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |