New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3959091 = | 55 (1.370) | 3 (0.080) | 3/298 | NT | 7.6% | intergenic (‑101/‑30) | rhlB/trxA | ATP‑dependent RNA helicase/thioredoxin 1 |
? | CP009273 | 3959502 = | 20 (0.520) | intergenic (+52/‑275) | trxA/rho | thioredoxin 1/transcription termination factor |
GCTGACGAATATCAGGGCAAACTGACCGTTGCAAAACTGAACATCGATCAAAACCCTGGCACTGCGCCGAAATATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACAC > CP009273/3959259‑3959772 | tcTGACGAATATCAGGGCAAACTGACCGTTGCAAAACTTACAATAGAGCAAAACCCTGGCACTGCGCCGAAATAAGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCGGTTCAAAAACGGGGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCGCGGCGCTAAAAAGTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTTGTGTTGACTTCGTa < 2:212372/271‑1 (MQ=255) aTCAAAACCCTGGCACTGCGCCGAAATATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGATGCCCCGTCGCTAAAAACTNGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTAAATCTTGTAATTTCAAAAGCTTCCCg > 1:560241/1‑275 (MQ=255) gtcagtttgccctgatattcgtcagcgatttcatccagaatcggggcgatcattttgcacggaccgcaccactctgcccagaaatcgacgaggatcgccccgtccgctttgagtacatccgtgtcaaaactgtcgtcagtcaggtgaataattttatcgctcatatataactccacaggaataagcctggcgtgAGTCATGCTAACTTAGTGTTTACTTCGTATTAAACATACATAATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGttt > 2:334890‑M2/195‑275 (MQ=255) tGGCACTGCGCCGAAATATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACTCCCGGCGTGAGt > 1:384593/1‑190 (MQ=255) aaaTATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGGGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAAGTCAGTTGAAAGAGTTCATCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCACCGGCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCAt > 2:445312/1‑180 (MQ=255) tatGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACa < 2:249895/274‑1 (MQ=255) atGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCCAAAACGGTGAAGTGCCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAACACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTa < 1:445319/180‑1 (MQ=255) ctgctgctgTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCg > 1:220418/1‑275 (MQ=255) aaaaCGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCAGGCTAACTTAGTGNTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGtt > 1:630448/1‑272 (MQ=255) tGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTccc > 2:221722/1‑180 (MQ=255) cTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGttt < 1:221724/180‑1 (MQ=255) tCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGtt > 2:116113/1‑116 (MQ=255) tCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGtt > 2:17594/1‑116 (MQ=255) aaGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACt < 1:116114/116‑1 (MQ=255) aaGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACt < 1:17594/116‑1 (MQ=255) ggTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATAcc > 1:155354/2‑126 (MQ=255) gAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCttat < 2:155352/126‑1 (MQ=255) actgtcgtcagtcaggtgaataattttatcgctcatatataactccacaggaataagcctggcgtgAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGa > 2:536239‑M2/67‑171 (MQ=255) tcgtcagtcaggtgaataattttatcgctcatatataactccacaggaataagcctggcgtgAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACCGATTTc < 1:536249‑M2/109‑1 (MQ=255) aaatGGCGTAAGTGTATTTTATGTCTCGGTGCCCCGTCTCTAAAAACTGTACGTCCTGAGTGAGTCATTCTAACTTAGTTTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTTAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGgatga < 2:630434/270‑1 (MQ=255) aaaaaCTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACt > 2:412290/1‑142 (MQ=255) aCTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAAt < 1:412297/142‑1 (MQ=255) gACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTATGGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGNGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTACACAGGCATGGATGATCCTGCCATACCATTAACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTaa > 1:517247/1‑274 (MQ=255) tggccaggcgtgAGTCATTCTAACTTAGTTTTGACTTCTTATTAAACATTCCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTaa < 2:220416‑M2/261‑1 (MQ=255) aCGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCTTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGGAGGATCCTGCCATACAATTAAAAACATAAATATCGAGCTTTNTCCCAATTTTacaa > 2:551598/1‑272 (MQ=255) cgtgATTCATGCTTACTTAGTGTTGACTTTGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCNCTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCacac < 1:632000‑M2/271‑1 (MQ=255) | GCTGACGAATATCAGGGCAAACTGACCGTTGCAAAACTGAACATCGATCAAAACCCTGGCACTGCGCCGAAATATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAGTGGCGGCAACCAAAGTGGGTGCACTGTCTAAAGGTCAGTTGAAAGAGTTCCTCGACGCTAACCTGGCGTAAGGGAATTTCATGTTCGGGTGCCCCGTCGCTAAAAACTGGACGCCCGGCGTGAGTCATGCTAACTTAGTGTTGACTTCGTATTAAACATACCTTATTAAGTTTGAATCTTGTAATTTCCAACGCTTCCCGTTTTATCTTAAATGCGAAGTGAACAGATTTCTGGCTCGTCACTCAATCCGTCTTGTCGTTTCAGTTCTGCGTACTCTCCTGTGACCAGGCAGCGAAAAGACATGAGTCGATGACCGTAAACAGGCATGGATGATCCTGCCATACCATTCACAACATTAAGTTCGAGATTTACCCCAAGTTTAAGAACTCACAC > CP009273/3959259‑3959772 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |