Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	CP009273	578843	578881	39	2 [1]	[1] 2	tfaX/appY	pseudogene, DLP12 prophage;Phage or Prophage Related/global transcriptional activator; DLP12 prophage

AGTGGCTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTTAATAAAGAAAAATTAAGCAAGCTGGATGTTGGTTTTTTGTTAATTGAATGGTTCTAATAATGTTTTTTTACTGTTGTTGAATGTGACTTGATAAGAAATGCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTT  >  CP009273/578572‑578864                                                                                                                                                                                                                                                                               |                       aGTGGCTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCTCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTTAATAAATAAAAATTAAGCAAGCTGGATGTTGGTTTTTTGTTAATTGAATGGTTATAATAATGTTTTTTTACTGTTGTTGAATGTGACTTGATAAGAAATGCAAGTAAAAATAATTTTCttagat                    >  2:110420/1‑271 (MQ=255)                    atatataGTATGTATATCATAGTTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTTAATAAAGAAAAATTAAGCAAGCTGGATGTTGGTTTTTTGTTAATTGAATGGTTCTAATAATGTTTTTTTACTGTTGTTGAATGTGACTTGATAAGAAATGCAAGTAAAAATGATTCTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGtt  <  1:110424/268‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                                                               |                       AGTGGCTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTTAATAAAGAAAAATTAAGCAAGCTGGATGTTGGTTTTTTGTTAATTGAATGGTTCTAATAATGTTTTTTTACTGTTGTTGAATGTGACTTGATAAGAAATGCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTT  >  CP009273/578572‑578864

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑