| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 143 (1.490) | 64/234 | 0.1 | 90.5% | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 4232212 | 15 (0.160) | intergenic (‑30/+342) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGAC > CP009273/4232075‑4232350 | tctgaggcagcacctggcacggctgggactgaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttgtagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:4847464‑M2/12‑1 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:133540‑M2/12‑1 (MQ=255) tgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCa < 1:4495801‑M2/14‑1 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGt > 1:3693139‑M2/124‑139 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGt > 1:2643289‑M2/124‑139 (MQ=255) ccGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgc > 1:4046149‑M2/1‑128 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCa < 1:3074199‑M2/19‑1 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt > 1:3300228‑M2/118‑129 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcgtgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAt < 1:2389646‑M2/20‑1 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaactctatcaataagttggagtcatttccCTGATCTTTTATCAGTGCAt < 1:910982‑M2/20‑1 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAtt < 1:4156959‑M2/21‑1 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCCCCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaact > 1:2260744‑M2/1‑123 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaact > 1:279267‑M2/1‑123 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:3791665‑M2/1‑121 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:1203697‑M2/1‑121 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:624977‑M2/1‑121 (MQ=255) acggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTgg < 1:1032067‑M2/29‑1 (MQ=255) cggTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgat > 1:1974155‑M2/1‑115 (MQ=255) tgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTg > 1:2957839‑M2/105‑138 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcactaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTg > 1:2324241‑M2/101‑122 (MQ=255) aagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGt > 1:3144421‑M2/97‑139 (MQ=255) ataataAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg 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ccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtg > 1:446347‑M2/1‑89 (MQ=255) cTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:3509725‑M2/1‑88 (MQ=255) cTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:1829951‑M2/1‑88 (MQ=255) cggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTAc < 1:384830‑M2/65‑1 (MQ=255) ggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:2085982‑M2/12‑1 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaa < 1:3028819‑M2/93‑15 (MQ=255) ctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt > 1:3957828‑M2/67‑78 (MQ=255) 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tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGt < 1:1024362‑M2/83‑1 (MQ=255) gAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgt < 1:5103963‑M2/138‑89 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTaa > 1:4653918‑M2/37‑136 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATtg > 1:3756565‑M2/37‑139 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagctggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATtg > 1:721626‑M2/37‑139 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATtgt < 1:4538867‑M2/104‑1 (MQ=255) cTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagct < 1:1120401‑M2/136‑95 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGCTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCtgtg > 1:3606075‑M2/33‑125 (MQ=255) ggTCTTCATTCAGACCTGCCGTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:663135‑M2/85‑47 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac < 1:3815524‑M2/139‑101 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:82286‑M2/1‑39 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2528875‑M2/1‑39 (MQ=255) 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ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:1906520‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcag < 1:960710‑M2/103‑93 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:39637‑M2/39‑29 (MQ=255) tGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg > 1:3048037‑M2/1‑8 (MQ=255) aTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCt > 1:2375357/1‑87 (MQ=255) tCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATGGTCAgg < 1:1679064/35‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAAt < 1:3292990/76‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCtgt < 1:4416443/87‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATaa < 1:1572855/104‑1 (MQ=255) tttATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGa < 1:2199151/139‑1 (MQ=255) ttggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatc > 1:2230023‑M2/1‑2 (MQ=255) ttggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatc > 1:458131‑M2/1‑2 (MQ=255) tggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatca < 1:2150270‑M2/139‑139 (MQ=255) tggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaa < 1:1093635‑M2/115‑115 (MQ=255) | CTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGAC > CP009273/4232075‑4232350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |