New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 93 (1.330) | 50/230 | 0.2 | 88.6% | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA |
? | CP009273 | = 4232212 | 12 (0.170) | intergenic (‑30/+342) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
ACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGA > CP009273/4232074‑4232349 | tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:4284981‑M2/12‑1 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTa > 1:3501120‑M2/124‑134 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGt > 1:1495376‑M2/124‑139 (MQ=255) gTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAACTGGAAATAAACTGGGAATTCATTCAGACCTGCCCTAGAACATTCTGATCTTTg < 1:964824‑M2/132‑2 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAt > 1:1284789‑M2/120‑139 (MQ=255) gcctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAtt < 1:2816418‑M2/21‑1 (MQ=255) gAAATAACGGCGGGGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATTGAAAATATATAACTTGAATTATAATGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccc < 1:4228926‑M2/138‑14 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAt < 1:3456101‑M2/20‑1 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAt < 1:521868‑M2/20‑1 (MQ=255) ctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATg < 1:3654087‑M2/25‑1 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaact > 1:1820457‑M2/1‑123 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCCAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTtgtgatgttgccaact < 1:4194260‑M2/139‑17 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:2770937‑M2/1‑121 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGACCTTTTATCAGTGCAt < 1:3025419‑M2/20‑1 (MQ=255) cggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGaa < 1:3801757‑M2/31‑1 (MQ=255) gctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAAtt > 1:1631118‑M2/107‑139 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTg > 1:2608046‑M2/106‑139 (MQ=255) gtgtCGTAGCCCAATAATAAACCACCTAATGTAACGACTAAGGTAAACGAAAAAATATAACTGGAATTATACCTGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgtagctgccaacataatgattta < 1:3047094‑M2/139‑27 (MQ=255) ggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGa > 1:853342‑M2/103‑132 (MQ=255) gacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg > 1:899303‑M2/102‑139 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg < 1:1989675‑M2/38‑1 (MQ=255) 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1:2024482‑M2/1‑92 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaactctatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTgg < 1:2497786‑M2/29‑1 (MQ=255) caccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:1914169‑M2/1‑91 (MQ=255) ccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:2545958‑M2/138‑50 (MQ=255) ccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgattta > 1:1681622‑M2/1‑89 (MQ=255) tcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGc > 1:1878631‑M2/76‑124 (MQ=255) gtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAgg > 1:324937‑M2/73‑111 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:2963696‑M2/1‑81 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:3346510‑M2/1‑81 (MQ=255) tggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACaa < 1:3071297‑M2/67‑1 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 1:2165467‑M2/137‑59 (MQ=255) ggTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt < 1:2997607‑M2/139‑68 (MQ=255) tatataACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt > 1:1012853‑M2/1‑60 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCttt > 1:1326125‑M2/52‑138 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCt < 1:2442220‑M2/90‑1 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGt < 1:4255784‑M2/78‑1 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCtgt < 1:3647283‑M2/92‑1 (MQ=255) aaTTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcc > 1:3213109‑M2/1‑49 (MQ=255) aaTTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:3104229‑M2/1‑49 (MQ=255) 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1:1054041‑M2/1‑41 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac < 1:259510‑M2/139‑101 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagct < 1:4053276‑M2/133‑95 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt > 1:798336‑M2/1‑39 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATaa < 1:206714‑M2/109‑1 (MQ=255) tATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgg < 1:506520‑M2/139‑103 (MQ=255) tcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 1:2349462‑M2/139‑106 (MQ=255) tcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 1:814151‑M2/139‑106 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATcc > 1:195867‑M2/25‑139 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATAAGTGCATTGATGGTGGAAGTGTCAGGCAGAGAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTATACGTAATg > 1:1654370‑M2/25‑106 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCa > 1:1055641‑M2/24‑139 (MQ=255) ttcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctat > 1:1152075‑M2/1‑31 (MQ=255) ttcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:2282849‑M2/1‑31 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccg > 1:2679114‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:1028093‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:2867376‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:497224‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:2160089‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 1:4193447‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:4208343‑M2/47‑37 (MQ=255) ccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACa < 1:1257409‑M2/66‑1 (MQ=255) aTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGcc < 1:1600480/139‑1 (MQ=255) cTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggaca > 1:3147654‑M2/1‑4 (MQ=255) cTTTTATCAGTTCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATaa < 1:1311114/104‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAgg < 1:1118733/43‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTa < 1:1815547/49‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTa < 1:3851321/49‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTGCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTa < 1:3326777/132‑1 (MQ=255) tggtgatgctgcccacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttgtgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagccccgccggccatc > 1:3837516‑M2/1‑1 (MQ=255) | ACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGA > CP009273/4232074‑4232349 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |