| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 70 (1.390) | 42/234 | 0.1 | 88.6% | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 4232212 | 9 (0.180) | intergenic (‑30/+342) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTG > CP009273/4232074‑4232348 | gaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCttt < 1:999536‑M2/9‑1 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCCAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTg < 1:1907516‑M2/139‑2 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCAACTAATGTAACGAATAAGGGAATAGAAAATATATAAATGGAATTATACTGGGAAATCATTAAGACCTGGCTTAGAACATTCTGATCTTTg < 1:1078549‑M2/139‑2 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGGAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAAATGGAATTAAACTGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCCTTCTGATATTTg < 1:1149462‑M2/139‑2 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:665695‑M2/12‑1 (MQ=255) aCCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgat > 1:674228‑M2/1‑129 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCa < 1:792472‑M2/19‑1 (MQ=255) acggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTgg < 1:1922526‑M2/29‑1 (MQ=255) ggTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2827620‑M2/1‑114 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagatggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTg > 1:1770378‑M2/106‑139 (MQ=255) tgtCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2606009‑M2/1‑112 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg < 1:577374‑M2/38‑1 (MQ=255) aaaTAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:1182816‑M2/136‑35 (MQ=255) aataatAAACCCCCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGCTCTTTggtgatgctgcc > 1:1259150‑M2/1‑101 (MQ=255) ataataAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:398118‑M2/139‑40 (MQ=255) ataataAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:1487381‑M2/139‑40 (MQ=255) 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1:1136193‑M2/137‑59 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 1:285479‑M2/137‑59 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:902259‑M2/115‑37 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:1325664‑M2/115‑37 (MQ=255) cGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 1:1708958‑M2/137‑59 (MQ=255) gACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:213490‑M2/139‑62 (MQ=255) cTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 1:1637948‑M2/1‑76 (MQ=255) 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tCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccg < 1:2526094‑M2/138‑129 (MQ=255) tCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacg > 1:2564610‑M2/1‑10 (MQ=255) cCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTAt < 1:552747‑M2/138‑1 (MQ=255) cTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc > 1:2840451‑M2/1‑9 (MQ=255) aTCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtc < 1:1598061‑M2/86‑81 (MQ=255) aTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGcc > 1:1347440/1‑139 (MQ=255) aTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGcc > 1:979255/1‑139 (MQ=255) tCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGcc < 1:287808/138‑1 (MQ=255) tCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGcc < 1:2333260/138‑1 (MQ=255) cTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGt < 1:2217124/67‑1 (MQ=255) ttttATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTaa < 1:310883/74‑1 (MQ=255) tttggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacat > 1:1504395‑M2/1‑3 (MQ=255) tttggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:2415030‑M2/1‑3 (MQ=255) | ACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTG > CP009273/4232074‑4232348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |