| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360104 = | 53 (0.760) | 132 (1.890) | 47/134 | 0.0 | 71.4% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
CCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAT > CP009273/360039‑360172 | ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt < 1:487179/68‑1 (MQ=255)acagataaaacgaaaggcccagtctttcgagtgagcctttcggtttatttgatgcctgggcaattaat < 1:2643411‑M1/3‑1 (MQ=255)acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat > 1:2236425‑M1/66‑68 (MQ=255)acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:4568735‑M1/3‑1 (MQ=255) cagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaatt > 1:5554526‑M1/65‑68 (MQ=255) agataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTc < 1:2007695‑M1/5‑1 (MQ=255) agataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTc < 1:5778542‑M1/5‑1 (MQ=255) ataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCt < 1:3849286‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg > 1:1014032‑M1/61‑68 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:2951680‑M1/8‑1 (MQ=255) gcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGGTGTCAAACATCAGAATTCCGATCCCCAATTCCTg > 1:3635503/1‑68 (MQ=255) gcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTg > 1:6091023/1‑68 (MQ=255) gcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTg > 1:1119591/1‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcgtttcgttttatttgatgcctggggatttAATTCCTGGCAg < 1:5079013‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCGTGGCAg < 1:2103678‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:5821146‑M1/57‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg < 1:2564519‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:5359995‑M1/57‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg < 1:3801547‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaacgcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:4538858‑M1/57‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:3317446‑M1/56‑68 (MQ=255) ccAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTa > 1:785824/1‑68 (MQ=255) aggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTtaa < 1:1697065‑M1/17‑2 (MQ=255) ggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:274547‑M1/18‑1 (MQ=255) cccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggc < 1:4014276‑M1/20‑1 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTGAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:1883103/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:1269951/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:3661254/1‑68 (MQ=255) tggctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcggg > 1:248672‑M1/46‑68 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:1152148‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:1058932‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgaccgagcctttcgttttatttgatgccgggggaataAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:1624916‑M1/44‑68 (MQ=255) ctgtcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTCGCTGTTTATGGCGGACGt < 1:5437539‑M1/26‑1 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:143301/1‑68 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:865727/1‑68 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:1800442/1‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctgggtaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:6172597‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattTTTTAATCGGAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:6044722‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGcgtccagc < 1:2258525‑M1/31‑4 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:3881482‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:4326814‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:769284‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:3476107‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:3801538‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:3281676‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:3061059‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:1308369‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:2091789‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATCGCGGGCGTCCTGc < 1:2687133‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:4977170‑M1/31‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATCCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:2612223‑M1/31‑1 (MQ=255) actgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGcc < 1:5172655‑M1/32‑1 (MQ=255) actgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGcc < 1:5405011‑M1/32‑1 (MQ=255) ctgagcctttcgttttatttgatgcctggtgaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGccc < 1:1967870‑M1/33‑1 (MQ=255) agcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc > 1:4166550‑M1/33‑68 (MQ=255) agcctttcgttttatttgatgcctggggaattAAATCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc > 1:4946395‑M1/33‑68 (MQ=255) tAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCACGCCa > 1:1520894/1‑68 (MQ=255) gcctttggttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa < 1:1098619‑M1/37‑1 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:5123400‑M1/29‑68 (MQ=255) gatGTCAAACAAGAGAATTCCGATCCCCATTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGCCAccc < 1:3941092/66‑1 (MQ=21) gCTGTCAATCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:5954628/1‑68 (MQ=255) tcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCACTCcacccac < 1:218808‑M1/42‑3 (MQ=255) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGAGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:2341629‑M1/44‑1 (MQ=255) tatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:1002495‑M1/21‑68 (MQ=255) aCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:4625198/1‑68 (MQ=255) atttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCg < 1:5891741‑M1/49‑1 (MQ=255) atttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCAGggcag < 1:6068867‑M1/49‑3 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:968691‑M1/50‑1 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:5273202‑M1/50‑1 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:4579880‑M1/50‑1 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:4273196‑M1/50‑1 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt > 1:4147273/1‑68 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt > 1:5231785/1‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGTCAGTTTATGGCGGGCGCCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:1186726‑M1/18‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGTGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:1464273‑M1/18‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:2841525‑M1/51‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:5318708‑M1/51‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:1335209‑M1/18‑68 (MQ=255) tGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTAATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:2990010/68‑1 (MQ=255) tgaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:625551/67‑1 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:276822‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:5459665‑M1/16‑68 (MQ=255) agaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:6202491/68‑1 (MQ=255) agaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:1897083/68‑1 (MQ=255) tgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCTCTACCATAAGCGCCGTTGcta < 1:1587479‑M1/55‑2 (MQ=255) tgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCtt < 1:5662576‑M1/55‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:2410436‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:1409099‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:2871918‑M1/56‑1 (MQ=255) cctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCg < 1:2197968‑M1/57‑1 (MQ=255) tCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGc > 1:4360361/1‑68 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:4914329/1‑68 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc < 1:2797500/68‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCAAGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCTCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCCCAACGt < 1:5421935/68‑1 (MQ=14) gaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:5046939‑M1/6‑68 (MQ=255) gaactAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:4357769‑M1/6‑68 (MQ=255) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:5768973‑M1/67‑1 (MQ=255) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:5027776‑M1/67‑1 (MQ=255) aaTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTG‑CCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAt > 1:2194600/1‑68 (MQ=255) aaTTCCTCGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaaa > 1:1938885/1‑68 (MQ=255) | CCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAT > CP009273/360039‑360172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |