| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4532507 | 33 (0.470) | 72 (1.190) | 32/116 | 0.2 | 76.8% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| ? | CP009273 | = 4532803 | 15 (0.250) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 | aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:3599713‑M2/68‑2 (MQ=255)aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:3476287‑M2/68‑2 (MQ=255) aGAATATTAAGCCAACAACTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg > 1:5935930‑M2/1‑65 (MQ=255) gAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggc > 1:5505453‑M2/1‑64 (MQ=255) aaTATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc > 1:1661377‑M2/1‑63 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAGAGATTGTCCGCGAGGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgggcc < 1:2220389‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTTTGAGTCAAAAtggccc < 1:5109558‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:2453348‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4975961‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4474743‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:1864319‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:5703121‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:1736116‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4000854‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:5783420‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTACTCGATTCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:5116973‑M2/68‑7 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATTAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTGTTTGAGTCAAAAtggaccca < 1:5834744‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:1553778‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4207176‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:1470898‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:219677‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:5321608‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca > 1:245669‑M2/1‑60 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGACCGCGATGCTTTCCTCTATGTGTCAAAAtggcccca < 1:5517372‑M2/68‑9 (MQ=255) tAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaat > 1:3187496‑M2/1‑58 (MQ=255) aaGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAAt > 1:664572/1‑68 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:2798505‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:3335057‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:806785‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:5501250‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:1781189‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:1537422‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGt > 1:741083/1‑68 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGGTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:2979781‑M2/68‑14 (MQ=255) ccAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtc < 1:5010893‑M2/68‑15 (MQ=255) ccAACAAATAAACTGAAAA‑GTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtct > 1:5771492‑M2/1‑53 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:5340539‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:1713732‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:1326773‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACAGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:5167646‑M2/1‑50 (MQ=255) aaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtat < 1:5314117‑M2/68‑21 (MQ=255) aaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtat > 1:3932614‑M2/1‑48 (MQ=255) aaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtat > 1:3698387‑M2/1‑48 (MQ=255) aaaCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtattta < 1:4099116‑M2/68‑24 (MQ=255) gctGAAAAAGTTTGTCCGCGATGGTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:521969‑M2/67‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAATtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:4692140‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:785412‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:4755056‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:5838551‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCGTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:61760‑M2/68‑26 (MQ=255) ctcaaaaaCTTTGACCGCGAAGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCATTTggg < 1:130140/65‑1 (MQ=255) aaaaGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttt < 1:1748918‑M2/68‑31 (MQ=255) aaaaGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttt > 1:4637716‑M2/1‑38 (MQ=255) aGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttt < 1:3932021‑M2/68‑34 (MQ=255) tttGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttttttta < 1:5363341‑M2/68‑36 (MQ=255) tttGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttttttta < 1:4256261‑M2/68‑36 (MQ=255) tttGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttttttta < 1:2309329‑M2/68‑36 (MQ=255) tttGTCCGCGATGCTTTCCGCTATGAGTCAAAAtgggcccaattgtcttgtatttatttgttttttta < 1:6045199‑M2/68‑36 (MQ=255) ttGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACtgt < 1:3712366/68‑1 (MQ=255) gTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:2206571‑M2/1‑30 (MQ=255) gTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:1152885‑M2/1‑30 (MQ=255) tCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCa > 1:1960349/1‑68 (MQ=255) ccGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttt < 1:2399778‑M2/68‑41 (MQ=255) ccGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttt < 1:110928‑M2/68‑41 (MQ=255) cgcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAgt < 1:2732919/68‑1 (MQ=255) gcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttat > 1:3803086‑M2/1‑26 (MQ=255) aTGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattat > 1:1504621‑M2/1‑23 (MQ=255) gCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatca > 1:1200296‑M2/1‑21 (MQ=255) gCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatca > 1:4442123‑M2/1‑21 (MQ=255) tCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataa > 1:2628175‑M2/1‑17 (MQ=255) tCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataa > 1:5293010‑M2/1‑17 (MQ=255) ccTCTATGAGTCATAAtggccccaaatgtcttgttttaaattgtttttttaactttattatcaataag > 1:2672370‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAATAtggccccatttgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:5744935‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:3075134‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag < 1:1741140‑M2/68‑53 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCa > 1:1790752/1‑68 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:132929‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:3919677‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:3738049‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:3727535‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:5356162‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:2272837‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCaaa > 1:4697918/1‑68 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaat < 1:6101646‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:4915302‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:634303‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:615555‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:4261556‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:1518934‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:5748929‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTc > 1:5493090/1‑68 (MQ=255) tGAGTCAAAATGGCCCCAAATGAATCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCg < 1:204329/68‑1 (MQ=255) gAGTCAAAAtggccccaattttcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaagaagttaaatc < 1:2745664‑M2/68‑60 (MQ=255) gAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatc < 1:2753741‑M2/68‑60 (MQ=255) tCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaa > 1:1450024‑M2/1‑6 (MQ=255) aaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:3871541‑M2/1‑4 (MQ=255) aatggccccaatcgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatgaataagttaaatcaaacctc < 1:5990438‑M2/68‑67 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:5581016‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttaattgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:4506288‑M2/68‑68 (MQ=255) aTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTacaaaa > 1:4803105/1‑68 (MQ=255) | ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |