| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1104827 = | 5 (0.090) | 55 (0.970) | 32/134 | 0.2 | 91.7% | coding (37/1536 nt) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| ? | CP009273 | = 1391495 | NA (NA) | intergenic (+146/‑127) | insH1/ynaJ | IS5 transposase and trans‑activator/DUF2534 family putative inner membrane protein | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTT > CP009273/1104760‑1104894 | gTGCTTACTAATTTTGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGt < 1:4600837/68‑1 (MQ=255)gTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGt < 1:3288327/68‑1 (MQ=255)gTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGt < 1:3777797/68‑1 (MQ=255)gTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGGGGAGTGCTGCAGTAATGt < 1:1907104/68‑1 (MQ=255)ctcaaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttcct < 1:1259273‑M1/1‑1 (MQ=255) caaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTa > 1:2717768‑M1/66‑68 (MQ=255) ttACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAg > 1:634319‑M2/1‑67 (MQ=255) aacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAAc > 1:2004154‑M1/64‑68 (MQ=255) tACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAgg > 1:2340665‑M2/1‑66 (MQ=255) catgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTaacag < 1:3450992‑M1/7‑3 (MQ=255) catgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAAccc > 1:771755‑M1/62‑68 (MQ=255) catgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAAccc > 1:3317425‑M1/62‑68 (MQ=255) cTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaa < 1:3904174‑M2/68‑5 (MQ=255) cTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaa < 1:5272636‑M2/68‑5 (MQ=255) atgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCt > 1:2788789‑M1/61‑68 (MQ=255) tgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTg > 1:3600095‑M1/60‑68 (MQ=255) gaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGt > 1:5399124‑M1/59‑68 (MQ=255) aaTTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaagg > 1:4231221‑M2/1‑62 (MQ=255) agaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCAGtat < 1:1429205‑M1/12‑1 (MQ=255) tATGAAACATAAAGTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgc > 1:226792‑M2/1‑59 (MQ=255) tATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgc < 1:3953017‑M2/68‑10 (MQ=255) gaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGtata < 1:3543182‑M1/13‑1 (MQ=255) gaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGtata > 1:3432242‑M1/56‑68 (MQ=255) tGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcga < 1:2473319‑M2/68‑12 (MQ=255) tGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcga < 1:2131229‑M2/68‑12 (MQ=255) tGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGGTAAggaaggtgcga > 1:654483‑M2/1‑57 (MQ=255) tgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATc > 1:48042‑M1/52‑68 (MQ=255) tgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATc > 1:4051417‑M1/52‑68 (MQ=255) tgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATc < 1:3614694‑M1/17‑1 (MQ=255) aaaCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaac < 1:3519987‑M2/68‑14 (MQ=255) gaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCt > 1:1435221‑M1/51‑68 (MQ=255) aaCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaaca > 1:2359494‑M2/1‑54 (MQ=255) aaCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaaca < 1:2709345‑M2/68‑15 (MQ=255) aCATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaa < 1:40015‑M2/68‑16 (MQ=255) cATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaag > 1:3917987‑M2/1‑52 (MQ=255) cATAAACCACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTACTGTTAAggaaggtgcgaacaag > 1:1063504‑M2/1‑52 (MQ=255) atgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCa < 1:4927978‑M1/21‑1 (MQ=255) tgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACGCTGTATACATCTTCAAGCTg < 1:2076986‑M1/26‑1 (MQ=255) cTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCAGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtcgctg < 1:5277788‑M2/68‑23 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga < 1:1343090‑M2/68‑24 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga > 1:1724874‑M2/1‑45 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctga > 1:40382‑M2/1‑45 (MQ=255) tACAAATGATGAAAATGCGGTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaagttgcgaacaagtccctga > 1:4382463‑M2/1‑45 (MQ=255) aCAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgat > 1:2260794‑M2/1‑44 (MQ=255) aCAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgat > 1:5428673‑M2/1‑44 (MQ=255) gtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGc > 1:5512455‑M1/40‑68 (MQ=255) gtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGc > 1:4439681‑M1/40‑68 (MQ=255) gcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCt > 1:526831‑M1/39‑68 (MQ=255) cagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCtt > 1:3739387‑M1/38‑68 (MQ=255) tgatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgag > 1:2459536‑M2/1‑39 (MQ=255) tgatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgag > 1:765809‑M2/1‑39 (MQ=255) gatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgaga > 1:2541794‑M2/1‑38 (MQ=255) gatgaAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgaga > 1:3134564‑M2/1‑38 (MQ=255) cgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAg < 1:4720233‑M1/35‑1 (MQ=255) cgagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAg < 1:1267422‑M1/35‑1 (MQ=255) gagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGt > 1:5469852‑M1/33‑68 (MQ=255) gagaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGt > 1:2602797‑M1/33‑68 (MQ=255) agaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTa > 1:546958‑M1/32‑68 (MQ=255) gaagaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTAt > 1:5483051‑M1/31‑68 (MQ=255) atatgCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTATggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatg > 1:384489‑M2/3‑33 (MQ=255) agaatttccccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtg > 1:4231465‑M1/29‑68 (MQ=255) aaTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgt < 1:302433‑M2/68‑37 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt < 1:5182187‑M2/68‑38 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:873377‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:364879‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggggcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt > 1:1275838‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGGAATGTTAAggaatgtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtt < 1:4005030‑M2/68‑38 (MQ=255) cGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgt > 1:1986599‑M2/1‑28 (MQ=255) cGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgt > 1:2616516‑M2/1‑28 (MQ=255) ggttgAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatc > 1:5100732‑M2/1‑24 (MQ=255) cccgcttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTc < 1:853334‑M1/48‑1 (MQ=255) gttgAGTGCTGCAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatct < 1:4032906‑M2/68‑46 (MQ=255) ttgAGTGCTGCAGTAATGTAAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctg < 1:2114713‑M2/68‑47 (MQ=255) ttattcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCaaa > 1:5211955‑M1/16‑68 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4161938‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:1640317‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4158810‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4257859‑M2/1‑17 (MQ=255) tgctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagcc > 1:4330365‑M2/1‑17 (MQ=255) ttcgcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAaagca < 1:4879868‑M1/56‑1 (MQ=255) ctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccat > 1:1707880‑M2/1‑15 (MQ=255) ctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccat > 1:647584‑M2/1‑15 (MQ=255) ctgcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccat > 1:2787919‑M2/1‑15 (MQ=255) gcaccttccTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAaagcaagc < 1:3964162‑M1/59‑1 (MQ=255) gcAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatag < 1:3351718‑M2/68‑56 (MQ=255) cAGTAATGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccataga > 1:1405046‑M2/1‑12 (MQ=255) ttccATAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAAt > 1:5551484‑M1/5‑68 (MQ=255) aaTGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacag < 1:2385119‑M2/68‑61 (MQ=255) aaTGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacag < 1:1317279‑M2/68‑61 (MQ=255) aTGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagg > 1:1828776‑M2/1‑7 (MQ=255) tGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg < 1:443442‑M2/68‑63 (MQ=255) tGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg < 1:1899507‑M2/68‑63 (MQ=255) tGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg < 1:1129833‑M2/68‑63 (MQ=255) tGTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacaggg < 1:1178698‑M2/68‑63 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt > 1:1104701‑M2/1‑5 (MQ=255) gTTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggt > 1:4434084‑M2/1‑5 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgtacaagtgcctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:2663981‑M2/1‑4 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:5131472‑M2/1‑4 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:1480688‑M2/1‑4 (MQ=255) ttAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggtt > 1:1824303‑M2/1‑4 (MQ=255) | GTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAATGATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGCAAGCTCAATCTTT > CP009273/1104760‑1104894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |