| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4532507 | 10 (0.180) | 75 (1.530) | 30/116 | 0.1 | 88.4% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| ? | CP009273 | = 4532803 | 11 (0.220) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 | aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:4205496‑M2/68‑2 (MQ=255)aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:5299461‑M2/68‑2 (MQ=255)aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGATTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:5040808‑M2/68‑2 (MQ=255) aGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg > 1:4724389‑M2/1‑65 (MQ=255) aaTATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc > 1:1044082‑M2/1‑63 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:803629‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:640513‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:2987482‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:578296‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:3947154‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:3892276‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:434444‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4927332‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:3834326‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4740835‑M2/68‑7 (MQ=255) tatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCCCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccc > 1:4075807‑M2/1‑61 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGATAAAGTTTGTCAGGGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4633206‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGCTGCTTTCCTCTGTGAGTCAAGAtggccgct < 1:5135421‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTCTGAGTCAAAAtggcccca > 1:1095616‑M2/1‑60 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAATAtggcccca < 1:226416‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:2436409‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:378084‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca > 1:3722137‑M2/1‑60 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4365814‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4249398‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:1389836‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:1167393‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCCATGAGTCAAAAtggcccca < 1:2894053‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTATATGAGTCAAAAtggccgca < 1:3674723‑M2/68‑9 (MQ=255) aaGCCAACAAATAAACTGAATAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaatt < 1:1910649‑M2/68‑12 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGATAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:3723556‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCTAAAtggccccaattgt < 1:2315782‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:1076098‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:4846883‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:4991220‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:5457716‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:3443306‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:2303421‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:1681567‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGGTTGTCCGCGATGCCTACCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:1618930‑M2/1‑55 (MQ=255) ccAACAAATAATCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtc < 1:1580960‑M2/68‑15 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:4695670‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:2694774‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtcgccccaattgtcttgt > 1:665930‑M2/1‑50 (MQ=255) aaaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgta > 1:1581807‑M2/1‑49 (MQ=255) aaTAAACTGTAATAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTTTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtat > 1:3753559‑M2/1‑48 (MQ=255) aaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtat > 1:1767243‑M2/1‑48 (MQ=255) tAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatct < 1:5200239‑M2/68‑23 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatt < 1:3541198‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtctagtatttatt < 1:4692743‑M2/68‑26 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTACGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtcgccccaattgtcttgtatttatt < 1:2808675‑M2/68‑26 (MQ=255) aaaaGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttt > 1:4011325‑M2/1‑38 (MQ=255) aaaaGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttt > 1:4153732‑M2/1‑38 (MQ=255) aaaGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGaaa < 1:4412433/68‑1 (MQ=255) gTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:1938830‑M2/1‑30 (MQ=255) tCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactt > 1:2071101‑M2/1‑29 (MQ=255) ccGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaaattt < 1:5491776‑M2/68‑41 (MQ=255) cgcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttt < 1:3343636‑M2/68‑42 (MQ=255) cgcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttta < 1:1202502‑M2/68‑42 (MQ=255) gcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttat > 1:1134175‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttat > 1:3810057‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttat > 1:1232519‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAgtg < 1:4431495/68‑1 (MQ=255) aTGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattat < 1:1348310‑M2/68‑46 (MQ=255) aTGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattat > 1:3978134‑M2/1‑23 (MQ=255) aTGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattat > 1:2918072‑M2/1‑23 (MQ=255) gCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatca > 1:3962234‑M2/1‑21 (MQ=255) gCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatca > 1:2169975‑M2/1‑21 (MQ=255) tCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataa > 1:2070220‑M2/1‑17 (MQ=255) tCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattggcttctatttatttgtttttttaactttattatcaataa > 1:1701264‑M2/1‑17 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:5613134‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:5304933‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:5037611‑M2/1‑16 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgattttatttgtttttttaactttattatcaataagtt < 1:3099370‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCaaa > 1:4798885/1‑68 (MQ=255) tATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACt < 1:3478617/68‑1 (MQ=255) tATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACt < 1:4684661/68‑1 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:626582‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:5368549‑M2/68‑58 (MQ=255) tGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaat < 1:376003‑M2/68‑59 (MQ=255) gAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatc < 1:5523104‑M2/68‑60 (MQ=255) gAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatc < 1:689053‑M2/68‑60 (MQ=255) gAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaata < 1:2103506‑M2/68‑60 (MQ=255) tCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaa < 1:2836208‑M2/68‑63 (MQ=255) aaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:1451745‑M2/1‑4 (MQ=255) aaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:4919612‑M2/1‑4 (MQ=255) aaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:1222273‑M2/1‑4 (MQ=255) aaaTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTacaa < 1:1709660/68‑1 (MQ=255) aatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctc < 1:2573523‑M2/68‑67 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgttttttttactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:3274013‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatctataagttaaatcaaacctct < 1:3266658‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaccctct > 1:1560223‑M2/1‑1 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:4952166‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:4613094‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct > 1:5582760‑M2/1‑1 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:2546924‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:1134667‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:3613024‑M2/68‑68 (MQ=255) aTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTacaaaa > 1:58751/1‑68 (MQ=255) aTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTacaaaa > 1:269328/1‑68 (MQ=255) | ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |