New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 96890 | 35 (0.530) | 3 (0.050) | 3/326 | NT | 7.2% | coding (889/1083 nt) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
? | NC_000913 | 2769127 = | 43 (0.660) | coding (463/822 nt) | yfjQ | CP4‑57 prophage; protein YfjQ |
ATTTGTCGCCGGTGGTTTTGCGCTGGTGGCGTGGGCGACCGGCAATATGAACTTTGCCAGCTACTTGCATATACCGTATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCATTATCGGCCTGGGCCTCACCGGGCTTTCCTGC > NC_000913/96619‑97149 | tgtgggggccgtgggtgttgggctgggtgCGTTGTCGACCGGCAATATGAACGTTGCCAGCTACTTGCATAGACCGTATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGT < 2:715506‑M1/259‑1 (MQ=255) ggtTTTGCGCTGGTGGCGTGGGCGACCGGCAATATGAACTTTGCCAGCTACTTGCATATACCGTATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAAc < 1:46714/272‑1 (MQ=255) aGCTACTTGCATATACCGTATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTTCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATGATGGGGGTGGTGTTGGGGGTAGCAACGCTTTCTGTCATCCTGCAAGTCGGCCCCTTTAAACTGGCCGGagc > 2:413900/1‑270 (MQ=255) tttcttttgccGTATCTGCTACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGTGATAGTCGTGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAt < 1:1064570/263‑1 (MQ=255) tATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGTGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGc < 1:419254/272‑1 (MQ=255) tATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGaaa > 1:576032/1‑208 (MQ=255) aTCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAAc < 2:576031/208‑1 (MQ=255) ccGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTgg > 1:177129/1‑165 (MQ=255) cgcgATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGt < 2:177129/165‑1 (MQ=255) gtgttCTTGTGGTTTAAC‑CCTTTTCCGTGTATGTTTTTTTGGGGGGTTGTAGGTTGGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGttt < 2:244257/269‑1 (MQ=255) gtgGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGatta > 1:516734/1‑272 (MQ=255) ccGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTTCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAgg > 2:205988/1‑145 (MQ=255) cGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCtt > 2:280080/1‑128 (MQ=255) cGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGt < 1:205988/145‑1 (MQ=255) cGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCa > 1:701921/1‑188 (MQ=255) cGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGT > 1:161310‑M1/1‑111 (MQ=255) ggCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGtt < 2:161310/111‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCttt < 1:280081/128‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCAc < 2:701920/188‑1 (MQ=255) cGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCCCCGATTCATCACCACTATGAACTGa > 2:24420/1‑183 (MQ=255) gCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGaa < 1:24420/183‑1 (MQ=255) gCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGaaa > 2:853691/1‑88 (MQ=255) gCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTTTTTCGCGGAAGCCGGTTCGGATTGGTCTGGAAACGCTTGATGGACGTTAATc > 2:692382/1‑272 (MQ=255) cGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAAc < 1:853692/88‑1 (MQ=255) tggtgCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCGGGTTCTGATTGTCCTGGCAATGCTGAAGGTCCTTTAATCAAGGCTGa > 2:696407/1‑272 (MQ=255) gTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATgg > 2:673459/1‑137 (MQ=255) ttAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGc < 1:673460/137‑1 (MQ=255) tAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTgaagtgctggggatttttgagcgtgtggaagaaaagagggatgccatgcagtcgttgcttttaccgccacctgtgcagcaggcactggcaaaagcagcgcttacgtatcgctttggtgaggaccaccagccggttactgaat > 1:434427‑M1/1‑60 (MQ=255) aGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTgaagtgctggggatttttgagcgtgtggaagaaaagagggatgccatgcagtcgttgcttttaccgccacctgtgcagcaggcactggcaaaagcagcgcttacgtatcgctttggtgaggaccaccagccggttactgaatc < 2:434426‑M1/202‑144 (MQ=255) cGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAgg > 2:740984/1‑83 (MQ=255) gCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGt < 1:740985/83‑1 (MQ=255) ccGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCt > 2:249598/1‑229 (MQ=255) cGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTg < 1:249598/229‑1 (MQ=255) tACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGGTTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCa < 1:289393/272‑1 (MQ=255) gcTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCAt < 1:826270/271‑1 (MQ=255) aCTTCTACGGCAGGAATTCCTGCTGTTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTACCGAATGGCACCGATTCATCACCTCTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTTGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCAt < 1:1076651/272‑1 (MQ=255) aCTGCTACGTCAGTAATTTCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTTGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCAt < 1:526967/272‑1 (MQ=255) cTACGTCATGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCATTATc < 1:692383/272‑1 (MQ=255) aaTTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCATTATCGGCCTGGGcc < 1:413901/272‑1 (MQ=255) ctgGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACGACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAACGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTTGCAACGCTGTAGGTCAGTTAATCATGGCTGATTCTCGGGGTACAAATGTTGTCATTATCGTGCTggggttctccgtg > 2:685996/1‑262 (MQ=255) gggggggggtGTgaagtgctggggatttttgagcgtggggaagaaaagagggatgccatgcagtcgttgcttttaccgccacctgtgcagcaggcactggcaaaagcagcgcttacgtatcgctttggtgaggaccaccagccggttactgaatcgcagatactctccccacgccgctggcaggatgagagcaatgacctttggaccacctatcagcggattcaagaaaacctgattaagggcggactcagtgggcgtaatgctaaaggcg < 2:391705‑M1/270‑260 (MQ=255) | ATTTGTCGCCGGTGGTTTTGCGCTGGTGGCGTGGGCGACCGGCAATATGAACTTTGCCAGCTACTTGCATATACCGTATCTGCGACACGCCGGGGAACTGGTTATTGTCTGTACCGCGATAGTCGGGGCAGGACTGGGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGA‑TGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTCTGATTGGTCTGGCAACGCTGAAGGTACGTTAATCATGGCTGATTATCAGGGTAAAAATGTCGTCATTATCGGCCTGGGCCTCACCGGGCTTTCCTGC > NC_000913/96619‑97149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |