| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 238,217 | IS1 (+) +9 bp | intergenic (+97/+32) | yafT → / ← ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 238217 = | 1 (0.000) | 429 (1.290) | 169/194 | 0.0 | 99.7% | intergenic (+97/+40) | yafT/ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 238225 | 1 (0.000) | 381 (1.140) | 164/194 | 0.0 | 99.7% | intergenic (+105/+32) | yafT/ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| ? | NC_000913 | = 258675 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 429 total aligned reads displayed.
AATGGCATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/238316‑238217‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGT > NC_000913/257908‑258007 AATGGCATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCG < 2:406794/101‑1 ATGGCATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGG > 2:406805/1‑101 GGCATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTA > 1:406806/1‑101 CATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAAT > 2:406812/1‑101 ATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATG > 2:406818/1‑101 ATGAAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATG < 1:406819/101‑1 AAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACT > 2:406827/1‑101 AAATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACT > 1:406828/1‑101 ATGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGTATTCCGGTAATGACTCC > 2:406836/1‑101 TGTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCA > 1:406840/1‑101 GTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAA > 2:406849/1‑101 GTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAA < 2:406844/101‑1 GTAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAA < 1:406847/101‑1 TAATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAAC > 2:406854/1‑101 AATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACT > 1:406859/1‑101 ATAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTT < 2:406864/101‑1 TAATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTA < 1:406867/101‑1 AATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTAT < 1:406876/101‑1 AATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTAT < 2:406872/101‑1 ATGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATT > 2:406879/1‑101 TGGATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTG < 1:406883/101‑1 GATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 2:406888/1‑101 GATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 1:406893/1‑101 ATATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATA < 1:406899/101‑1 TATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 2:406902/101‑1 ATATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:406904/1‑101 TATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 2:406912/101‑1 ATTTCTCGCAAGGAAGATTCAGCAGTTAAATAATTAAATATTCTAAAACAAACAGTTTTTAACTCCGGATTCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT < 1:406914/101‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |