New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2514276 = | NA (NA) | 209 (0.580) | 129/194 | 2.5 | 53.3% | noncoding (4/1345 nt) | IS186 | repeat region |
? | NC_000913 | 3067172 = | 183 (0.510) | coding (2/897 nt) | ygfI | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgfI |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514375‑2514276 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTACAGA > NC_000913/3067172‑3067271 AATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGA > 2:4531568/1‑101 AATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGA > 1:4531567/1‑101 ATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGAT > 1:4531571/1‑101 TATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATC < 1:29726/101‑1 ATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCC < 2:1142113/101‑1 ATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCC < 2:29727/101‑1 ATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCC < 2:4531572/101‑1 GCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCT > 1:4531576/1‑101 GCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCT > 2:4531575/1‑101 CAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCC > 1:4531578/1‑101 AGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCC > 2:4531582/1‑101 AGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCC > 2:4531580/1‑101 AGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCC < 1:29730/101‑1 GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCC < 2:29731/101‑1 GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCC > 1:4531584/1‑101 TTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGC < 2:1142115/101‑1 GCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCAT < 1:1142116/101‑1 GCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCAT < 1:4531587/101‑1 GCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCAT > 2:4531588/1‑101 CTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATC < 2:29734/101‑1 CTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATC < 2:1142118/101‑1 TGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCt > 1:4531590/1‑100 GACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCT < 1:4531592/101‑1 GACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCT < 1:29736/101‑1 CCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTG < 1:4531595/101‑1 CAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGT < 1:29738/101‑1 CAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGT > 2:4531596/1‑101 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCC < 1:1142120/101‑1 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCC > 1:4531598/1‑101 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCG > 2:4531600/1‑101 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGC > 1:4531602/1‑101 CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTA > 2:4531606/1‑101 GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAA < 2:29742/101‑1 GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAA < 1:29740/101‑1 TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGC > 1:4531608/1‑84 GAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACC > 2:4531609/1‑101 GAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACC < 1:29744/101‑1 AGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTT < 1:29746/101‑1 TAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTC > 1:4531612/1‑101 TAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTC < 1:29748/101‑1 AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCA > 2:4531614/1‑101 TTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGT < 1:29750/101‑1 TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTC < 2:29751/101‑1 TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTC > 1:4531616/1‑101 CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTGTCAGTCA > 2:4531618/1‑101 TCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGC < 1:29754/101‑1 TCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGC < 2:29755/101‑1 CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCC > 2:4531621/1‑101 ACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATC > 1:4531624/1‑101 ACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATC > 2:4531623/1‑101 GTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCT > 1:5556886/1‑101 GTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCT < 2:4532445/101‑1 TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTT < 1:4532248/101‑1 AATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGAT < 2:4532436/101‑1 AATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGAT > 2:5556884/1‑101 ATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATG < 2:4532091/101‑1 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGA < 2:4531842/101‑1 ATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAA > 1:5556882/1‑101 TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAAC > 2:5556880/1‑101 ATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACC < 1:4532409/101‑1 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ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAA > 2:5556872/1‑99 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGA < 1:4532228/101‑1 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGAT > 2:5556869/1‑101 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGT < 2:4532254/101‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGG > 1:5556866/1‑100 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGA > 1:5556862/1‑101 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGA > 2:5556861/1‑101 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATACTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGA < 2:4532357/101‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATT < 1:4532605/101‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGG > 2:5556865/1‑96 CTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTA > 2:5556857/1‑101 CTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTA > 1:5556858/1‑101 CTTAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTA < 2:4532457/101‑1 TAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACG > 2:5556855/1‑101 TAAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACG < 1:4531961/101‑1 AAGTTAGCGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGT > 2:5556853/1‑101 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CGCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTT < 2:4532141/101‑1 GCTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTT > 1:5556841/1‑101 CTTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTT < 2:4532548/101‑1 TTATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTA > 1:5556839/1‑101 ATGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTACA < 2:4532342/101‑1 TGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTACAG < 2:4532369/101‑1 TGATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTACAG > 2:5556838/1‑101 GATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATA < 2:4532406/76‑1 AATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514375‑2514276 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCCCCCTCCCCCGCATCCTTGTCCGCTTAACCGTTTCAGTCAGCCTATCCTTGATGAAACCGCGAGCAAAGATAGGTGATTACGTCATGGTTTTACAGA > NC_000913/3067172‑3067271 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |