| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1720894 = | 20 (0.440) | 34 (0.750) | 21/134 | 0.4 | 63.0% | intergenic (‑70/‑131) | slyA/ydhI | DNA‑binding transcriptional dual regulator SlyA/DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAATTT > NC_000913/1720827‑1720961 | aacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccg > 1:1249735‑M1/68‑68 (MQ=255) cATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGc < 1:383696/68‑1 (MQ=255) acagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGc < 1:895489‑M1/2‑1 (MQ=255) tctcCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTa > 1:3161950/1‑68 (MQ=255) tcCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTaaa > 1:2958018/1‑68 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTaaaa < 1:507887‑M1/7‑1 (MQ=255) ttATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACa < 1:1345670/68‑1 (MQ=255) ttATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACa < 1:3113932/68‑1 (MQ=255) ataATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAgg < 1:114456‑M1/68‑3 (MQ=255) ataATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAgg < 1:412249‑M1/68‑3 (MQ=255) ataATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAgg < 1:431681‑M1/68‑3 (MQ=255) taATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAAt < 1:2485008/68‑1 (MQ=255) taATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAAt < 1:1535939/68‑1 (MQ=255) aaTTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggta > 1:1692795‑M1/1‑64 (MQ=255) aaTTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAGAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggta > 1:2805285‑M1/1‑64 (MQ=255) ggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAANTAATGt > 1:2099372‑M1/55‑68 (MQ=255) ggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGt < 1:784484‑M1/14‑1 (MQ=255) aTTAGCTTGCTAAGATATNATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaa > 1:2715746‑M1/1‑63 (MQ=255) agcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTAt < 1:2597320‑M1/16‑1 (MQ=255) agcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTAt < 1:2676568‑M1/16‑1 (MQ=255) gcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTAtt < 1:3226482‑M1/17‑1 (MQ=255) aGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatga < 1:30619‑M1/68‑9 (MQ=255) gCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgac < 1:364923‑M1/68‑10 (MQ=255) cTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgact > 1:1241987‑M1/1‑58 (MQ=255) acctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATtgc < 1:3357102‑M1/19‑1 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATtgctgc > 1:873541‑M1/47‑68 (MQ=255) gCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgctgc < 1:2964075/68‑1 (MQ=255) cTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCa > 1:664288/1‑68 (MQ=255) aaGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTGAAACAggtaatgactccaact < 1:574343‑M1/68‑17 (MQ=255) aaGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaact < 1:115929‑M1/68‑17 (MQ=255) aaGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaact < 1:3057551‑M1/68‑17 (MQ=255) aacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTg < 1:2457679‑M1/27‑1 (MQ=255) aacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTg < 1:2969330‑M1/27‑1 (MQ=255) atatTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttat > 1:2837799‑M1/1‑49 (MQ=255) tattatGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGt < 1:1280404/68‑1 (MQ=255) caccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGt > 1:2503059‑M1/40‑68 (MQ=255) catcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAc < 1:446932‑M1/32‑1 (MQ=255) atcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAcc > 1:1187792‑M1/36‑68 (MQ=255) tGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatag > 1:666336‑M1/1‑43 (MQ=255) tGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatag > 1:1674206‑M1/1‑43 (MQ=255) gCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagt < 1:1454877‑M1/68‑27 (MQ=255) cGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtg < 1:42475‑M1/68‑28 (MQ=255) cGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtg < 1:118339‑M1/68‑28 (MQ=255) atacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTc < 1:3349448‑M1/36‑1 (MQ=255) ggCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgt < 1:275444‑M1/68‑29 (MQ=255) ggCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgt < 1:1968328‑M1/68‑29 (MQ=255) acactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAg < 1:1417600‑M1/38‑1 (MQ=255) cactaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGa > 1:2035068‑M1/30‑68 (MQ=255) cTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGa > 1:2224293/1‑68 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:1961084‑M1/40‑1 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:1346313‑M1/40‑1 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:506908‑M1/40‑1 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:3163496‑M1/40‑1 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:2157484‑M1/40‑1 (MQ=255) actaaatcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGAc < 1:2029745‑M1/40‑1 (MQ=255) gAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 1:1909097‑M1/1‑32 (MQ=255) gAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:2135692‑M1/68‑37 (MQ=255) tcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATCttt < 1:99899‑M1/46‑1 (MQ=255) tcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATAttt < 1:2604205‑M1/46‑1 (MQ=255) tcagtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATAttt < 1:2297030‑M1/46‑1 (MQ=255) aTAGTGTGCAGCAATTGTNTTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:2710330‑M1/1‑30 (MQ=255) aTAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:1666565‑M1/1‑30 (MQ=255) aTAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:2044572‑M1/1‑30 (MQ=255) aTAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:1237552‑M1/1‑30 (MQ=255) tAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATAttttt > 1:1942718/1‑68 (MQ=255) agtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATAttttt < 1:3298476‑M1/48‑1 (MQ=255) agtaagttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATAttttt < 1:692299‑M1/48‑1 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:1036723‑M1/1‑28 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:1518311‑M1/1‑28 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga < 1:1001990‑M1/68‑41 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:601329‑M1/1‑28 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga < 1:2720089‑M1/68‑41 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga < 1:1096453‑M1/68‑41 (MQ=255) aGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgtttgatgttcaga < 1:3266718‑M1/68‑41 (MQ=255) gtgCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:1635389‑M1/1‑25 (MQ=255) gtgCAGCAATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:1119918‑M1/1‑25 (MQ=255) gtgCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGa > 1:1959357/1‑68 (MQ=255) gtgCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGa > 1:1734851/1‑68 (MQ=255) agttggcagcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGa < 1:3450211‑M1/52‑1 (MQ=255) agcaATTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc < 1:292761‑M1/68‑48 (MQ=255) gcaATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTg > 1:1130177/1‑68 (MQ=255) gcaATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTg > 1:579239/1‑68 (MQ=255) agcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTgcg < 1:51024‑M1/59‑1 (MQ=255) gcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTgcgc < 1:1737577‑M1/60‑1 (MQ=255) gcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTgcgc < 1:1848864‑M1/60‑1 (MQ=255) gcatcaccGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTgcgc < 1:295800‑M1/60‑1 (MQ=255) aTTGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgat < 1:3098461‑M1/68‑52 (MQ=255) tGTATTGCTAACACAAATNTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGt > 1:2701228/1‑68 (MQ=255) tGTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga > 1:2731769‑M1/1‑15 (MQ=255) tGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGt > 1:168202/1‑68 (MQ=255) tGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGt > 1:2653096/1‑68 (MQ=255) gTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac < 1:554560‑M1/68‑55 (MQ=255) gTATTGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac < 1:2370985‑M1/68‑55 (MQ=255) aTTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTaaa > 1:2899682/1‑68 (MQ=255) tGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttg > 1:1186950‑M1/1‑10 (MQ=255) tGCTAAAACAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttg > 1:237067‑M1/1‑10 (MQ=255) gCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAAttt > 1:1172941/1‑68 (MQ=255) | TCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCGTCAGACATATTTTTCAGAAATTGCGCGTAAATTT > NC_000913/1720827‑1720961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |