| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | 15 (0.330) | 9/134 | 1.5 | 42.9% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2806300 | 20 (0.440) | coding (291/1065 nt) | proW | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW | |||||
CGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGA > NC_000913/2806234‑2806367 | cGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTcc > 1:1294577/1‑68 (MQ=255)cGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCg < 1:519030‑M2/68‑2 (MQ=255) aCCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCCCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCa > 1:1321411/1‑68 (MQ=255) cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCac > 1:751722/1‑67 (MQ=255) cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCaa > 1:1027421/1‑68 (MQ=255) cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCaa > 1:963819/1‑68 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatga > 1:382476‑M2/1‑60 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAAtt > 1:2270159/1‑68 (MQ=255) aTTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgac < 1:1134243‑M2/68‑10 (MQ=255) tttCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgact > 1:65245‑M2/1‑58 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTgg < 1:209104/68‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTgg < 1:1652731/68‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTgg < 1:275145/68‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTgg < 1:156830/68‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTgg < 1:3062158/68‑1 (MQ=255) cTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGc < 1:2289017/68‑1 (MQ=255) gggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:3377903‑M2/1‑40 (MQ=255) ggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCAcc > 1:676317/1‑68 (MQ=255) ggCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCAcc > 1:551566/1‑68 (MQ=255) gcgcGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg > 1:3518229‑M2/1‑34 (MQ=255) gcgTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCg < 1:450274/68‑1 (MQ=255) tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTa > 1:1799489/1‑68 (MQ=255) gTTGATTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataat < 1:40287‑M2/68‑45 (MQ=255) aTTATATCCTCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgccc < 1:1743808‑M2/68‑49 (MQ=255) atCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGctct < 1:1203643/68‑1 (MQ=255) atCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGctct < 1:3248657/68‑1 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCa > 1:1649593/1‑68 (MQ=255) ccTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCa > 1:425363/1‑68 (MQ=255) tCAACGGTTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 1:1413476‑M2/1‑11 (MQ=255) tCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcacgcag < 1:2815086‑M2/68‑67 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcgcgatgactttgtcatgcagc > 1:3097788‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccnatgactttgtcatgcagc > 1:2709511‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagc > 1:2648651‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagc > 1:2165669‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagc > 1:1741454‑M2/1‑1 (MQ=255) | CGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGA > NC_000913/2806234‑2806367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |