| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 34 (0.670) | 6 (0.120) | 5/128 | 2.3 | 15.0% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 34 (0.670) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCT > NC_000913/1603735‑1603860 | gCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTg > 1:2057694/1‑65 (MQ=255) agaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcatt < 1:2787162‑M1/65‑7 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCCGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTTCTCGGTGGTCGCCGTatcattg < 1:1561768‑M1/65‑8 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa < 1:1785681/65‑1 (MQ=255) aaGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGt < 1:2792281/65‑1 (MQ=255) aGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTg > 1:3722741/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:334753/1‑65 (MQ=255) actgctgcCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:2357910/63‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1225336/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:3336533/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:3587717/65‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTGCTGGGGGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggc < 1:2037274‑M1/65‑22 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:2823791/65‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:776781/65‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCAGTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGAGCGGTCATTGGTGCGGTACTCGgc > 1:2609869/1‑65 (MQ=255) ccTGCGTGCGCGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:3027182/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCAGCATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggt < 1:1400212‑M1/65‑29 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:2411058/65‑1 (MQ=255) tGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTc < 1:2092722/65‑1 (MQ=255) tGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTc < 1:2141309/65‑1 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:653496/1‑65 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:3800230/1‑65 (MQ=255) aTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa < 1:5835/65‑1 (MQ=255) aTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa < 1:2916274/65‑1 (MQ=255) ttAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatc < 1:1308325‑M1/65‑43 (MQ=255) tAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGa < 1:1576921/65‑1 (MQ=255) aGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGAt > 1:691130/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:758252/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2764230/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2342828/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:815561/1‑65 (MQ=255) tGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:932414‑M1/65‑49 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:3991163/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:194859/65‑1 (MQ=255) ggtggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGt < 1:3829488/65‑1 (MQ=255) gtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTg > 1:101050/1‑65 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt < 1:3159574/65‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt > 1:2966838/1‑65 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt > 1:1211793/1‑65 (MQ=255) ggTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCt < 1:3300078/65‑1 (MQ=255) | GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCT > NC_000913/1603735‑1603860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |