| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 29 (0.700) | 8 (0.190) | 5/128 | 2.2 | 21.6% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 29 (0.700) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
CTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603736‑1603862 | cTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGc < 1:1331678/65‑1 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:2033402/65‑1 (MQ=255) aaaGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGCGCGATCATTgg > 1:890236/1‑65 (MQ=255) aaGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGt < 1:1301099/65‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggt < 1:100996‑M1/65‑15 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:413914/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:1634719/1‑65 (MQ=255) aatGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:3325506/63‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:29079/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:2020478/65‑1 (MQ=255) aGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCg > 1:272691/1‑65 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:122782/65‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc < 1:1677427/65‑1 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCAGTAGTGTGCTCGGTGGTCGCCGT‑‑‑ATCATTAGTGCGGTACTCGGCGCa < 1:26940/65‑1 (MQ=255) ggTGCGGGGGGGCGTTTTTTTGCTCGGTGGTCGCCGT‑‑‑ATCATTAGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:1681246/64‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggt < 1:824496‑M1/65‑29 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:1920772/65‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:204385/65‑1 (MQ=255) gggCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTcc > 1:1516417/1‑65 (MQ=255) cggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGa > 1:712971/1‑65 (MQ=255) aTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGAACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa > 1:2779990/1‑65 (MQ=255) tAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGa < 1:1694134/65‑1 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATc < 1:3215727/65‑1 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgat < 1:397178‑M1/65‑46 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:610620/1‑65 (MQ=255) tGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:1814142‑M1/65‑49 (MQ=255) tGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:1494859‑M1/65‑49 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:1447518/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:2014424/65‑1 (MQ=255) ggtggtCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtact < 1:806387‑M1/65‑54 (MQ=255) tggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGATCCTGACGCAGATCGATATCGTAc > 1:2787848/1‑65 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt > 1:391284/1‑65 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt > 1:1486416/1‑65 (MQ=255) ccgtatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtactggtgctgt < 1:180590‑M1/63‑62 (MQ=255) ggTGCGATGATTGGTGCGGTCCTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCt < 1:2756175/65‑1 (MQ=255) ggTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCt < 1:2857953/65‑1 (MQ=255) tatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtactggtgctgttgc < 1:229730‑M1/65‑65 (MQ=255) | CTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603736‑1603862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |