| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 35 (0.630) | 12 (0.220) | 7/128 | 2.3 | 25.8% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 34 (0.620) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603735‑1603862 | gCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTg > 1:2178979/1‑65 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:2999283/65‑1 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:2009252/65‑1 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa > 1:2266981/1‑65 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa < 1:3702745/65‑1 (MQ=255) aaGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGt < 1:3371257/65‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGGGc > 1:1973402/1‑65 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1299974/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:748452/65‑1 (MQ=255) gCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACt > 1:851856/1‑65 (MQ=255) aGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCg > 1:4356681/1‑65 (MQ=255) gCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCgg < 1:3384522/65‑1 (MQ=255) gCCGGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTCCTCGGTGGTCGCCGTatcattggtgcggtactcggcgc < 1:2384608‑M1/65‑24 (MQ=255) gcTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCAGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCggg < 1:3330493/64‑2 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGgc > 1:2776435/1‑65 (MQ=255) ccTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGCACTCGgc > 1:123985/1‑65 (MQ=255) tGCGTGCTGGGCGGCATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatg < 1:2338709‑M1/65‑27 (MQ=255) cGTGCTGGGCGGCATTAGTGTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggt < 1:4421838‑M1/65‑29 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt < 1:1932000/65‑1 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:4005658/1‑65 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:2310477/1‑65 (MQ=255) ggcATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgca < 1:2648206‑M1/65‑39 (MQ=255) cATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttccttacgcaga < 1:3266865‑M1/65‑41 (MQ=255) cATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcaga < 1:1039413‑M1/65‑41 (MQ=255) aTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa > 1:63908/1‑65 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATc < 1:3438525/65‑1 (MQ=255) cagtgctCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgat < 1:4250372‑M1/62‑46 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2567075/1‑65 (MQ=255) tGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGNTTCCTGACGCAGATCGAt < 1:3239738/65‑1 (MQ=255) cTCGGTGGTCGCCGTatcattggtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:2448736‑M1/65‑51 (MQ=255) cTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:2430000‑M1/65‑51 (MQ=255) cTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:2296271‑M1/65‑51 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:3460024/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:416894/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:4212433/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATAGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:2847202/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTCGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:2811000/65‑1 (MQ=255) ggtggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGt < 1:1237688/65‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGTACGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa < 1:3027019/65‑1 (MQ=255) gtggtTCCGGTTCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa < 1:3358244/65‑1 (MQ=255) caggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa < 1:1075015/63‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt < 1:421926/65‑1 (MQ=255) ccgtatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtactggtgctgt < 1:1571910‑M1/63‑62 (MQ=255) ggTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCt < 1:3593202/65‑1 (MQ=255) ggTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCt < 1:103192/65‑1 (MQ=255) tatcattagtgcggtactcggcgcatagttcctgacgcagatcgatagcgtactggtgctgttgc < 1:477243‑M1/65‑65 (MQ=255) tGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGt < 1:2111524/65‑1 (MQ=255) | GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603735‑1603862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |