Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 74 [0] | [0] 73 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 63 (1.300) | 31/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 | gggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG < 1:1445137‑M1/65‑1 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACAGAAATGt < 1:3522286‑M1/65‑2 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:3729477‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:3737781‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:4353492‑M1/1‑63 (MQ=255) cGATTTTGAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:2548758‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:2426166‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:3040181‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:1222282‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:222815‑M1/65‑7 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:3904387‑M1/1‑58 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt < 1:2234820‑M1/65‑8 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:816‑M1/1‑58 (MQ=255) ttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata < 1:680147‑M1/65‑12 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:2394166‑M1/65‑14 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:920878‑M1/1‑48 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:1311474‑M1/1‑48 (MQ=255) atGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt < 1:3204939‑M1/65‑19 (MQ=255) gCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATANATGtataagtcatacttttgttt > 1:3412733‑M1/1‑45 (MQ=255) gCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttt < 1:3996498‑M1/65‑21 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:1716011‑M1/1‑43 (MQ=255) gATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggg < 1:460086‑M1/65‑25 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt > 1:431821‑M1/1‑40 (MQ=255) tGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtg > 1:2508343‑M1/1‑39 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt > 1:2626593‑M1/1‑38 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt < 1:2373973‑M1/65‑28 (MQ=255) aGATCACACAAACCACTCAATTCCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:5866‑M1/65‑30 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:3102973‑M1/65‑30 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:827503‑M1/65‑30 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat > 1:838176‑M1/1‑36 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:1101835‑M1/65‑30 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:1804644‑M1/65‑30 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATAtataagtcatactattgttttgggtgtat < 1:4219142‑M1/65‑30 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1167025‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1837433‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:2136919‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:2694913‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:2655864‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:593491‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:756621‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGcataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:3471236‑M1/1‑33 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:2330982‑M1/1‑29 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct > 1:1085822‑M1/1‑28 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct < 1:2091617‑M1/65‑38 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct > 1:3835683‑M1/1‑28 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgagtgtatttcaatct > 1:1681802‑M1/1‑28 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 1:2205733‑M1/1‑26 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:1200484‑M1/1‑24 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:2375735‑M1/1‑24 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:2057522‑M1/1‑24 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:3627596‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:3540840‑M1/1‑23 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:2993273‑M1/65‑48 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:3017075‑M1/65‑48 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:3472715‑M1/65‑48 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:1951728‑M1/65‑48 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:2425020‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:2355263‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:774397‑M1/1‑17 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttcaaaagttttt > 1:165699‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:863093‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:775496‑M1/1‑14 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:60631‑M1/1‑12 (MQ=255) aaCATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgct < 1:1435119‑M1/65‑56 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:2298765‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:1985352‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:3644513‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgtcttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:140670‑M1/1‑7 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1200459‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:3677802‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1501085‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:3668383‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:3382887‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2441713‑M1/1‑2 (MQ=255) | GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |