| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 74 [0] | [0] 73 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 63 (1.300) | 31/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
CTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979215‑1979341 | ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacagaaatgt < 1:3522286‑M2/1‑1 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:3729477‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:3737781‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:4353492‑M2/64‑65 (MQ=255) cgattttgaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:2548758‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:2426166‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:3040181‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:222815‑M2/6‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1222282‑M2/6‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 1:3904387‑M2/59‑65 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt > 1:816‑M2/59‑65 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:2234820‑M2/7‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATa < 1:680147‑M2/11‑1 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:2394166‑M2/13‑1 (MQ=255) aatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttg > 1:920878‑M2/49‑65 (MQ=255) aatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttg > 1:1311474‑M2/49‑65 (MQ=255) atgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgt < 1:3204939‑M2/18‑1 (MQ=255) gcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacatanatgTATAAGTCATACttttgttt > 1:3412733‑M2/46‑65 (MQ=255) gcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttt < 1:3996498‑M2/20‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |