| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 80 (1.470) | 35/120 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGT > NC_000913/1299434‑1299561 | gcgtgctGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:2247805‑M1/62‑1 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:108417‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:1818879‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:1700675‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:4204892‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:431209‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:4421068‑M1/65‑1 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:4468055‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:497265‑M1/1‑65 (MQ=255)gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:1116341‑M1/1‑65 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:3279791‑M1/65‑3 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:2298525‑M1/65‑3 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataata > 1:182‑M1/1‑59 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa < 1:2707099‑M1/65‑8 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc > 1:2200910‑M1/1‑56 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:2272779‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:272006‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATAATATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataattaa > 1:2264975‑M1/1‑54 (MQ=255) ataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:210576‑M1/1‑53 (MQ=255) ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt < 1:4162829‑M1/65‑17 (MQ=255) ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt < 1:3695159‑M1/65‑17 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 1:2973638‑M1/65‑19 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:3286805‑M1/1‑45 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:3626693‑M1/65‑22 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg > 1:995659‑M1/1‑40 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg > 1:2121911‑M1/1‑40 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:1389779‑M1/65‑27 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:901328‑M1/65‑27 (MQ=255) attagtAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:1706764‑M1/65‑27 (MQ=255) attaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 1:2059174‑M1/65‑30 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcat > 1:1885276‑M1/1‑35 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:1604382‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3351452‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:4253051‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:2402237‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:92137‑M1/65‑32 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2301087‑M1/65‑32 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:494835‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:4481070‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:1172763‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:4465917‑M1/1‑32 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2127314‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:3299115‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2692460‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:994027‑M1/1‑32 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:3392131‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2233068‑M1/65‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgcgcatttc < 1:3736885‑M1/65‑34 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:2692006‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:3869690‑M1/1‑30 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:35383‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 1:3110771‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact < 1:2500903‑M1/65‑37 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:3061502‑M1/65‑40 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:2562165‑M1/65‑40 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:3848326‑M1/65‑40 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:1370886‑M1/1‑24 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgga < 1:3846317‑M1/65‑43 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgga < 1:1408693‑M1/65‑43 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:2427488‑M1/1‑22 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:4095197‑M1/1‑22 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:3737459‑M1/1‑22 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:1435008‑M1/1‑22 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:1007641‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:2146822‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:2892123‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:2587200‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta > 1:4246‑M1/1‑17 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaat > 1:2928237‑M1/1‑15 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaat > 1:2064591‑M1/1‑15 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaaccgtaatca > 1:4491858‑M1/1‑13 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:1375895‑M1/1‑12 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:4419589‑M1/1‑12 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag > 1:30323‑M1/1‑12 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaga > 1:4269770‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagag > 1:742518‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:46320‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:1464291‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa > 1:2360711‑M1/1‑10 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 1:615973‑M1/1‑8 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 1:1378711‑M1/1‑8 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatctcactactggaacagtaatcagaata > 1:4163536‑M1/1‑8 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1266252‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:529675‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2939643‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:1726958‑M1/1‑7 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1809819‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1482532‑M1/65‑59 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:1782913‑M1/65‑59 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat > 1:2349390‑M1/1‑5 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatag < 1:1689262‑M1/65‑63 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:3831892‑M1/65‑64 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:314375‑M1/65‑64 (MQ=255) | GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGT > NC_000913/1299434‑1299561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |