| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 80 (1.470) | 35/120 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 | ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:2298525‑M2/2‑1 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:3279791‑M2/2‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata > 1:182‑M2/60‑65 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:2707099‑M2/7‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc > 1:2200910‑M2/57‑65 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:272006‑M2/55‑65 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:2272779‑M2/55‑65 (MQ=255) aataattgaaatgataatattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATTaa > 1:2264975‑M2/55‑65 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 1:210576‑M2/54‑65 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 1:4162829‑M2/16‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 1:3695159‑M2/16‑1 (MQ=255) gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa < 1:2973638‑M2/18‑1 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 1:3286805‑M2/46‑65 (MQ=255) atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:3626693‑M2/21‑1 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:995659‑M2/41‑65 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:2121911‑M2/41‑65 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:1389779‑M2/26‑1 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:901328‑M2/26‑1 (MQ=255) attagtaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:1706764‑M2/26‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 1:2059174‑M2/29‑1 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:1885276‑M2/36‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:2402237‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1604382‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:4253051‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:3351452‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:92137‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2301087‑M2/31‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:4481070‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2692460‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:1172763‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:994027‑M2/33‑65 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:494835‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:4465917‑M2/33‑65 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:3299115‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:3392131‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2127314‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2233068‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGCGCATTTc < 1:3736885‑M2/33‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:2692006‑M2/31‑65 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:3869690‑M2/31‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:35383‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:3110771‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 1:2500903‑M2/36‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:3848326‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:3061502‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:2562165‑M2/39‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 1:1370886‑M2/25‑65 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:3846317‑M2/42‑1 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:1408693‑M2/42‑1 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:3737459‑M2/23‑65 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:4095197‑M2/23‑65 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:1435008‑M2/23‑65 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:2427488‑M2/23‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:4246‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:1007641‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2587200‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2892123‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2146822‑M2/18‑65 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:2928237‑M2/16‑65 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:2064591‑M2/16‑65 (MQ=255) aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACCGTAATCa > 1:4491858‑M2/14‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:30323‑M2/13‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:1375895‑M2/13‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:4419589‑M2/13‑65 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:4269770‑M2/12‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAgag > 1:742518‑M2/11‑64 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:46320‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:2360711‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1464291‑M2/11‑65 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa > 1:1378711‑M2/9‑65 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa > 1:615973‑M2/9‑65 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATCTCACTACTGGAACAGTAATCagaata > 1:4163536‑M2/9‑63 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1809819‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:529675‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1782913‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1266252‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:1482532‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:1726958‑M2/8‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:2939643‑M2/58‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:2349390‑M2/6‑65 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg < 1:1689262‑M2/62‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:3831892‑M2/63‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:314375‑M2/63‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:3738928/1‑65 (MQ=255) | TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |