| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 67 (1.330) | 32/126 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299431‑1299565 | tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1320310‑M1/68‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:2014437‑M1/68‑3 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:1708666‑M1/68‑3 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:2409628‑M1/68‑3 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:1470305‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:2402918‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:3046511‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:3574836‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:4037684‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:4041510‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 1:1263163‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAacc > 1:3307554‑M1/1‑65 (MQ=255) cTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:677470‑M1/1‑64 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat < 1:1647157‑M1/68‑13 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:1742559‑M1/1‑56 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:3287139‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:883558‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:1064747‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:1154352‑M1/1‑54 (MQ=255) ataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt < 1:3837329‑M1/68‑16 (MQ=255) aatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAGGTGCTAAataataatcaattgtta > 1:935117‑M1/1‑51 (MQ=255) atTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGCAAGTGCTAAataataatcaattgttaa > 1:538135‑M1/1‑50 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:1563909‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:285370‑M1/1‑48 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:3347189‑M1/68‑24 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:4051032‑M1/68‑24 (MQ=255) gATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:728665‑M1/68‑27 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTTGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt > 1:2815867‑M1/1‑37 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3685762‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3940499‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2610921‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:2370318‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:592618‑M1/68‑32 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:116188‑M1/68‑32 (MQ=255) ttgattcCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:3430768‑M1/65‑34 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2706369‑M1/68‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:2148524‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:2018845‑M1/68‑35 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:1495848‑M1/1‑34 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac > 1:2593920‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac > 1:2902836‑M1/1‑30 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:545707‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:299324‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:149363‑M1/1‑29 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:1995094‑M1/1‑27 (MQ=255) tGGTAGAGGAAAGTTCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa < 1:506180‑M1/68‑50 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:3061964‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:3161935‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 1:702828‑M1/1‑17 (MQ=255) tAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatca < 1:1898133‑M1/68‑53 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaga < 1:1309132‑M1/68‑55 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaa < 1:2114027‑M1/68‑56 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:1926481‑M1/1‑12 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:2225486‑M1/1‑12 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2511065‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:20364‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:2166540‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:1284502‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:654807‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:3313958‑M1/68‑59 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:3565433‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:1487986‑M1/1‑10 (MQ=255) agagctaAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat > 1:2100500‑M1/4‑8 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagat < 1:1626513‑M1/68‑61 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata > 1:3308322‑M1/1‑7 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtactcagaaaagataga > 1:353999‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:1378612‑M1/68‑64 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:3727271‑M1/68‑64 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagattgacatg < 1:3585023‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:1334723‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:1208825‑M1/68‑68 (MQ=255) | TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299431‑1299565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |