| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 67 (1.330) | 32/126 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300632‑1300765 | ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:2014437‑M2/2‑1 (MQ=255)ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:1708666‑M2/2‑1 (MQ=255)ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:2409628‑M2/2‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:3574836‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:2402918‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:3046511‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:1470305‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:4037684‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:4041510‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:1263163‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaacc > 1:3307554‑M2/66‑66 (MQ=255) cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa > 1:677470‑M2/65‑68 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt < 1:1647157‑M2/12‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 1:1742559‑M2/57‑68 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:3287139‑M2/55‑68 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:883558‑M2/55‑68 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:1064747‑M2/55‑68 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:1154352‑M2/55‑68 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:3837329‑M2/15‑1 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaggtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:935117‑M2/52‑68 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggcaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa > 1:538135‑M2/51‑68 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 1:1563909‑M2/49‑68 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 1:285370‑M2/49‑68 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:3347189‑M2/23‑1 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:4051032‑M2/23‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:728665‑M2/26‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggttgaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:2815867‑M2/38‑68 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:3685762‑M2/31‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:116188‑M2/31‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:3940499‑M2/31‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:592618‑M2/31‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2370318‑M2/31‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2610921‑M2/31‑1 (MQ=255) ttgattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:3430768‑M2/33‑1 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2706369‑M2/33‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 1:2018845‑M2/34‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:2148524‑M2/35‑68 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:1495848‑M2/35‑68 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:2902836‑M2/31‑68 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:2593920‑M2/31‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 1:545707‑M2/30‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 1:299324‑M2/30‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 1:149363‑M2/30‑68 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 1:1995094‑M2/28‑68 (MQ=255) tggtagaggaaagttctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 1:506180‑M2/49‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:3061964‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:3161935‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:702828‑M2/18‑68 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCa < 1:1898133‑M2/52‑1 (MQ=255) gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa < 1:1309132‑M2/54‑1 (MQ=255) aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:2114027‑M2/55‑1 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 1:1926481‑M2/13‑68 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 1:2225486‑M2/13‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:2511065‑M2/58‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:20364‑M2/58‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:2166540‑M2/58‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:1284502‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:654807‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3313958‑M2/58‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:1487986‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:3565433‑M2/11‑68 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt < 1:1626513‑M2/60‑1 (MQ=255) agagctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:2100500‑M2/9‑68 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa > 1:3308322‑M2/8‑68 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTACTCAGAAAAGATAGa > 1:353999‑M2/6‑68 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:1378612‑M2/63‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:3727271‑M2/63‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATTGACATg < 1:3585023‑M2/67‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 1:1334723‑M2/67‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 1:1208825‑M2/67‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:2951060/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:2201533/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:3515614/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:727686/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:855079/1‑68 (MQ=255) | ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300632‑1300765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |