| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2068944 = | NA (NA) | 6 (0.120) | 6/128 | 2.4 | NA | noncoding (1328/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2070275 | NA (NA) | intergenic (‑95/‑2) | insC‑3/yoeA | CP4‑44 prophage; IS2 insertion element repressor InsA/CP4‑44 prophage; TonB‑dependent receptor plug domain‑containing protein YoeA | |||||
TAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGAT > NC_000913/2070208‑2070342 | tAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GG > 1:2754802‑M2/1‑68 (MQ=255) aGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGc < 1:1396609/68‑1 (MQ=35) aTTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGaa > 1:2172517/1‑68 (MQ=40) tAAGACTATCGCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGc < 1:1961388/68‑1 (MQ=255) tAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGc < 1:766020/68‑1 (MQ=255) tAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGc > 1:3460255/1‑68 (MQ=255) tAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGc < 1:432037/68‑1 (MQ=255) tAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGc < 1:1990182/68‑1 (MQ=255) tAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACT‑GGatttgc < 1:1301848‑M2/68‑7 (MQ=255) aGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAt < 1:2193425/68‑1 (MQ=255) gACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtc > 1:4184642/1‑68 (MQ=255) gACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtc > 1:2062913/1‑68 (MQ=255) gACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGCTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtc > 1:4068921/1‑68 (MQ=255) gcTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtcc < 1:1045332/67‑1 (MQ=255) aCTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtcc < 1:3733331/68‑1 (MQ=255) cTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT‑GGatttgccccta > 1:2097112‑M2/1‑57 (MQ=255) aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCAtcctcc < 1:2250707/68‑1 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTNGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCgt < 1:3260549/68‑1 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCgt > 1:389759/1‑68 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCgt < 1:68542/68‑1 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCgt > 1:1803332/1‑68 (MQ=255) ttATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCgtgt > 1:1686368/1‑68 (MQ=255) tATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGtt < 1:1877279/68‑1 (MQ=255) tttAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT‑GGatttgcccctatatttccaga > 1:2738931‑M2/1‑47 (MQ=255) aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTTGGatttgcccctatatttccagaca > 1:3150166‑M2/1‑45 (MQ=255) aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAAt > 1:2134655/1‑68 (MQ=255) aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAAt > 1:765207/1‑68 (MQ=255) gTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtc > 1:2142877/1‑68 (MQ=255) tGATATTGGTTGTCTGGAGCTTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGAGTTTTAATtct > 1:3703242/1‑68 (MQ=255) gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCACCCGTGTTTTAATtctc > 1:2990815/1‑68 (MQ=255) tGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:1776642‑M2/1‑35 (MQ=255) tGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGa > 1:1270691/1‑68 (MQ=255) gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATg > 1:2281587/1‑68 (MQ=255) tGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGt < 1:1116662/68‑1 (MQ=255) tGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCagg < 1:1590868/68‑1 (MQ=255) tGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCagg < 1:2201631/68‑1 (MQ=255) tGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCagg < 1:1670222/68‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTa < 1:1171047/68‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTa < 1:2381090/68‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTa < 1:3444023/68‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATGGATGGTCAGGAGGTa < 1:586291/68‑1 (MQ=255) tCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAAc < 1:55759/68‑1 (MQ=255) tCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAAc < 1:4195152/68‑1 (MQ=255) gggggCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGCAACTTa > 1:4040244/1‑68 (MQ=255) ggggCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTAt > 1:2389518/1‑68 (MQ=255) cAGTCTAGT‑GGatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgc > 1:4196018‑M2/1‑11 (MQ=255) tCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAgcgcgc > 1:2049612/1‑68 (MQ=255) tCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAgcgcgc > 1:1931349/1‑68 (MQ=255) cTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGcc < 1:2639557/68‑1 (MQ=255) cTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGcc > 1:3038686/1‑68 (MQ=255) t‑GGatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagata < 1:3571869‑M2/68‑66 (MQ=255) t‑GGatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagata < 1:2257467‑M2/68‑66 (MQ=255) ggCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGgaga > 1:2059335/1‑68 (MQ=255) ggCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGgaga > 1:1697655/1‑68 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaccccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:3513942‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:3773211‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:2356491‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt < 1:485397‑M2/68‑68 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:3039557‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:1467180‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:1186020‑M2/1‑1 (MQ=255) gatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:2670774‑M2/1‑1 (MQ=255) | TAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGT‑GGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGAT > NC_000913/2070208‑2070342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |