| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 33 (0.690) | 10 (0.210) | 7/128 | 2.0 | 23.0% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 34 (0.710) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
GGCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603734‑1603862 | ggCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGt < 1:3048579/65‑1 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:3534325/65‑1 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:2669232/65‑1 (MQ=255) agaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATc > 1:2347284/1‑65 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa < 1:3509724/65‑1 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa < 1:1847544/65‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGCGTGATCAt > 1:2033857/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCATCCTGGGTGCGGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattggtgcggt < 1:660915‑M1/65‑15 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:2763002/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc < 1:1597153/65‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc < 1:204288/65‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCCCGGTGCGATTAGTggcga > 1:541936/1‑62 (MQ=38) aTTGCGGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTGGTGTGCTCGGTGGTCCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1855002/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:3091014/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:945796/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1072402/65‑1 (MQ=255) tGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTAc < 1:3183538/65‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggt < 1:1525113‑M1/65‑29 (MQ=255) cGTGCTGGGCGGCAGTGGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggt < 1:215384‑M1/65‑29 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGt > 1:2134644/1‑65 (MQ=255) tGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTc < 1:904901/65‑1 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:1500631/1‑65 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:2966723/1‑65 (MQ=255) cATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcaga < 1:474201‑M1/65‑41 (MQ=255) ttttgCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgat < 1:413269‑M1/64‑46 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATc < 1:1136322/65‑1 (MQ=255) tttGCTNGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2201025/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGCTCg > 1:152013/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:1295564/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2685948/1‑65 (MQ=255) tttGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGGACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg > 1:2869287/1‑65 (MQ=255) tGCTCGGTGGTCGCCGTatcattggtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:2311863‑M1/65‑49 (MQ=255) tGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagc < 1:3265382‑M1/65‑49 (MQ=255) cTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:2479031‑M1/65‑51 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:404534/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:625725/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:3045702/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGCTCCTGACGCAGATCGATAGc > 1:2634770/1‑65 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGCGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc > 1:237738/1‑65 (MQ=255) ggtggtCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtact < 1:2980798‑M1/65‑54 (MQ=255) tCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGt > 1:146471/1‑65 (MQ=255) ccGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTg > 1:2672381/1‑65 (MQ=255) tatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtactggtgctgttgc < 1:2358243‑M1/65‑65 (MQ=255) tGCGATCATTCGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTGCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGt < 1:9331/65‑1 (MQ=255) | GGCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGT > NC_000913/1603734‑1603862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |