| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1603798 | 28 (0.570) | 6 (0.120) | 4/128 | 2.4 | 18.2% | coding (780/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| ? | NC_000913 | 1603802 = | 26 (0.530) | coding (784/1029 nt) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGC > NC_000913/1603735‑1603859 | gCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGtc > 1:602444/1‑64 (MQ=255)gCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTg > 1:407271/1‑65 (MQ=255) cTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGc < 1:2669719/65‑1 (MQ=255) ggAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGa < 1:1433675/65‑1 (MQ=255) gaTGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCa > 1:1071534/1‑65 (MQ=255) acgCAATTGCAGGCTGCGTGCTGGGCGGCATTTGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGt < 1:3446923/63‑1 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:1374804/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:2941661/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:431247/1‑65 (MQ=255) gCAATTGCAGCCCGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc > 1:2253022/1‑65 (MQ=255) gCAATGGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGc < 1:1432047/65‑1 (MQ=255) gttGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:2735092/64‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:730094/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1269625/65‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGt < 1:1480494/65‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggc < 1:1065916‑M1/65‑22 (MQ=255) cAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggc < 1:3346379‑M1/65‑22 (MQ=255) tGGGGGGCGTTAGTTTGCTGGGTGGTGCTCGTGCTATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTc < 1:3625468/65‑1 (MQ=255) gggCGGCCTTATTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctga < 1:1523921‑M1/65‑35 (MQ=255) gggCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTcc > 1:2141963/1‑65 (MQ=255) gggCGGCAGTATTGTGCTCGGTGGTCGCCGT‑‑‑ATCATTAGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGa < 1:1303366/65‑1 (MQ=255) gcggcATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTg > 1:773182/1‑65 (MQ=255) aTTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa > 1:1946824/1‑65 (MQ=255) aTTAGTCTTCTCTGTTGTTCCTCAGCGATCATTGGTGCGGTGCTCGGCGCATGGTTCCTGACGCa < 1:2135757/65‑1 (MQ=255) tAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGa < 1:1964917/65‑1 (MQ=255) gTTTGCTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgat < 1:2144540‑M1/65‑46 (MQ=255) tgtGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCg < 1:3129881/63‑1 (MQ=255) cTCGGTGGTCGCCGTatcattagtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgt < 1:3206953‑M1/65‑51 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:2810362/65‑1 (MQ=255) tCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc > 1:2547561/1‑65 (MQ=255) gcGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGc < 1:668171/64‑1 (MQ=255) ggtggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGt < 1:2544549/65‑1 (MQ=255) ggtggtCGCCGTatcattggtgcggtactcggcgcatggttcctgacgcagatcgatagcgtact < 1:1705782‑M1/65‑54 (MQ=255) gtggtTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTa > 1:3823493/1‑65 (MQ=255) cGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGc < 1:2543493/65‑1 (MQ=255) | GCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGC > NC_000913/1603735‑1603859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |