| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 87 [0] | [0] 85 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 70 (1.620) | 32/112 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 | gggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG < 1:3619883‑M1/65‑1 (MQ=255)gggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG > 1:1652060‑M1/1‑65 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt < 1:1810695‑M1/65‑2 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:3185611‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:582280‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCCATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:1810875‑M1/1‑63 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCCATTACTTAACATAAATGtata > 1:3457532‑M1/1‑61 (MQ=255) gCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:1746071‑M1/65‑6 (MQ=255) gCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:1652‑M1/65‑6 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:3557032‑M1/65‑7 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:2968594‑M1/1‑58 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt < 1:2726338‑M1/65‑8 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:1552474‑M1/1‑58 (MQ=255) tCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatac > 1:1033594‑M1/1‑53 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:943441‑M1/65‑14 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:1813254‑M1/65‑14 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:2759032‑M1/1‑50 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:3450295‑M1/1‑50 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:2609545‑M1/1‑50 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:1957424‑M1/1‑50 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:2192898‑M1/1‑50 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAAGATAAATGtataagtcatacttttg < 1:3871155‑M1/65‑18 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:3259359‑M1/1‑48 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgtt < 1:2689692‑M1/65‑20 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgtt > 1:1931587‑M1/1‑46 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgtt < 1:2323862‑M1/65‑20 (MQ=255) gCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttt > 1:1549595‑M1/1‑45 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:3004031‑M1/1‑43 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:2161829‑M1/1‑43 (MQ=255) 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aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat < 1:1791395‑M1/65‑30 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1536702‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:2797828‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:829620‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1495627‑M1/1‑33 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct > 1:214990‑M1/1‑28 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt < 1:2968835‑M1/65‑40 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt < 1:504982‑M1/65‑40 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:3673562‑M1/1‑24 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:2052573‑M1/1‑24 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:3638638‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:2434326‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:637266‑M1/1‑23 (MQ=255) cTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaa > 1:850657‑M1/1‑21 (MQ=255) cAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaag > 1:343749‑M1/1‑19 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:1188865‑M1/65‑48 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1055470‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:605004‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1431690‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1980420‑M1/1‑17 (MQ=255) 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ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:1278703‑M1/1‑12 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:357070‑M1/1‑12 (MQ=255) aaCATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgct < 1:796177‑M1/65‑56 (MQ=255) cATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac < 1:3255720‑M1/65‑58 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:2839268‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:2955397‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:2013435‑M1/1‑7 (MQ=255) aTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctag < 1:3522249‑M1/65‑63 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:3781334‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1393708‑M1/1‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |