Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 87 [0] | [0] 85 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 70 (1.620) | 32/112 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
CTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979215‑1979341 | ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 1:1810695‑M2/1‑1 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:3185611‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:582280‑M2/64‑65 (MQ=255) gctgccattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:1810875‑M2/64‑65 (MQ=255) tgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactccattacttaacataaatgtata > 1:3457532‑M2/62‑65 (MQ=255) gcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 1:1746071‑M2/5‑1 (MQ=255) gcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 1:1652‑M2/5‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:3557032‑M2/6‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:2726338‑M2/7‑1 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cactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaa > 1:2434326‑M2/24‑65 (MQ=255) ctcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaa > 1:850657‑M2/22‑65 (MQ=255) caattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg > 1:343749‑M2/20‑65 (MQ=255) aattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGt < 1:1188865‑M2/47‑1 (MQ=255) attacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:605004‑M2/18‑65 (MQ=255) attacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:1055470‑M2/18‑65 (MQ=255) attacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:1431690‑M2/18‑65 (MQ=255) attacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:1980420‑M2/18‑65 (MQ=255) ccttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAATAGatttt > 1:2252698‑M2/15‑65 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGTGCGTATTTCTATCTGTCAAAAAGttttt > 1:2704808‑M2/15‑65 (MQ=255) 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tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:191038‑M2/3‑65 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:514414‑M2/3‑65 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:2115640‑M2/3‑65 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:3748615‑M2/3‑65 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:3618410‑M2/3‑65 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGc > 1:3192260‑M2/3‑65 (MQ=255) | CTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > NC_000913/1979215‑1979341 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |