| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 986,862 | IS1 (–) +9 bp | 100% | coding (113‑121/1089 nt) | ompF ← | outer membrane porin F |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 291401 | NA (NA) | 53 (0.810) | 46/174 | NT | 97.9% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 986862 = | 1 (0.020) | coding (121/1089 nt) | ompF | outer membrane porin F | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 986870 | 1 (0.020) | 66 (1.000) | 51/176 | NT | 98.3% | coding (113/1089 nt) | ompF | outer membrane porin F |
| ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/986773‑986870‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGAC < NC_000913/1050545‑1050452 TTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTG < 1:1697586/99‑1 CTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAAT < 2:1561390/99‑1 TTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGA < 1:832652/99‑1 TTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGA < 1:1743054/99‑1 TAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGAC < 2:428891/99‑1 TAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGAC < 1:1619124/99‑1 AAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTC > 1:77208/1‑99 AAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTC < 1:47472/99‑1 AACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCC > 2:1295742/1‑99 AACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCC < 1:1181256/99‑1 ACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCA > 1:1809551/1‑99 CCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAA < 2:569924/99‑1 CCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAA > 1:3971/1‑99 CCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAA < 2:1604777/99‑1 AAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACT < 1:22535/99‑1 AAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACT < 2:1632725/99‑1 AAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACT < 2:1804472/99‑1 AAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTCGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACT < 2:133154/99‑1 AGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTT > 1:1077453/1‑99 GACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1570486/1‑99 ACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTAT < 1:1091507/99‑1 ACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTAT < 2:1615863/99‑1 ACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTAT < 1:387077/99‑1 TAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:190936/99‑1 GTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 2:1424528/99‑1 GTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT > 1:92552/1‑99 TCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 2:1451242/1‑99 ATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:292836/99‑1 TGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT > 1:1652974/1‑99 TGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT > 2:102242/1‑99 GTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 2:1535282/99‑1 TCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT < 1:388328/99‑1 GCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC > 2:806899/1‑99 GCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC > 1:1161733/1‑99 GCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC < 2:1310179/99‑1 CATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG > 2:873478/1‑99 ACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 2:191078/1‑99 CGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:1197766/1‑99 CGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:1253111/99‑1 TAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA > 1:882263/1‑99 ACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG > 2:152391/1‑99 ACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG > 1:172918/1‑99 ACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG > 2:431059/1‑99 TTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT < 2:1771156/99‑1 TTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG < 2:866271/99‑1 TCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:636970/1‑99 TCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:25513/99‑1 TCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 2:763371/99‑1 ACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA > 2:839620/1‑99 ACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA < 2:455296/99‑1 CCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTGTGTCAT < 1:293811/99‑1 GTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > 2:1037932/1‑99 TACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAG > 2:384282/1‑99 ACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:1478176/1‑99 CTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCC < 1:1592146/99‑1 CTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCC < 2:668743/99‑1 AAAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGAT < 2:28009/99‑1 AAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATT > 1:1687224/1‑99 AAATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATT > 2:833807/1‑99 AATAATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTT < 2:1706536/99‑1 ATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG < 2:1738674/99‑1 ATGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG > 2:1419314/1‑99 TGCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGA > 2:1139100/1‑99 GCAGACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAA < 1:601654/99‑1 ACCAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAC < 2:518930/99‑1 CAACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTGTGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAG < 1:1105789/99‑1 ACAGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCG > 2:691454/1‑99 AGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGAC > 2:1609274/1‑99 AGCTTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGAC < 2:637215/99‑1 TTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTACCCTTGGAAAAATAATGCAGACCAACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/986773‑986870‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGAC < NC_000913/1050545‑1050452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |