| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,470,056 | IS1 (–) +8 bp | intergenic (‑203/+82) | chiA ← / ← tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | 44 (1.000) | 32/276 | 0.3 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3470063 | 0 (0.000) | intergenic (‑210/+82) | chiA/tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 | |||||
| * | ? | NC_000913 | 3470056 = | 0 (0.000) | 24 (0.550) | 21/274 | 0.8 | 100% | intergenic (‑203/+89) | chiA/tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
ACGAGAACCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCC > NC_000913/3469917‑3470192 | aCGAGAACCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATAGAATTGATATCTTAACAATGAATAATTTATTCg > 2:328506/1‑140 (MQ=255) agaACCCTTCAATATGAATTAAGTTCCGGAATTAAAATTAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTc < 1:281441/140‑1 (MQ=255) gaACCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCt < 2:568357/140‑1 (MQ=255) aaCCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTg > 2:618278/1‑140 (MQ=255) tccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGa > 1:19934‑M1/134‑140 (MQ=255) cTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGtt < 1:168572/133‑1 (MQ=255) cTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGtt > 2:168572/1‑133 (MQ=255) gcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGt > 2:97441‑M1/130‑140 (MQ=255) gcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGt > 2:700438‑M1/130‑140 (MQ=255) gcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGt > 2:114016‑M1/130‑140 (MQ=255) tCAATATGAATTAAATTCCGGCGTTAAAAATTAGAAAAACGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggta > 2:280303‑M2/1‑136 (MQ=255) tCAATATGAATTAAATTACGGCCTTAAAAATAACAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggta > 2:313499‑M2/1‑136 (MQ=255) tCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggta > 1:557336‑M2/1‑136 (MQ=255) ggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTAc > 2:517478‑M1/128‑140 (MQ=255) aaTATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaat > 2:17256‑M2/1‑134 (MQ=255) aaTATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaat > 2:24473‑M2/1‑134 (MQ=255) gAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTTAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactc < 1:283939‑M2/140‑12 (MQ=255) gAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactc < 1:103644‑M2/140‑12 (MQ=255) aattaaattaCGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactcc > 2:718539‑M2/1‑128 (MQ=255) aattaaattaCGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactcc > 1:597947‑M2/1‑128 (MQ=255) gttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATg > 2:661193‑M1/116‑140 (MQ=255) 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2:260667‑M1/106‑140 (MQ=255) cgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACATTACCAACAAGATATGCCGTCAACAAATGc < 1:237003‑M1/39‑1 (MQ=255) tcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTGTGACAGTACGAATAGGATATGCCGTCAACAAATGCaa < 1:355552‑M1/41‑1 (MQ=255) aaGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt > 2:103644‑M2/1‑105 (MQ=255) aGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 2:104523‑M2/1‑104 (MQ=255) aGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 1:44493‑M2/1‑104 (MQ=255) 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(MQ=255) cATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 2:462797‑M2/140‑60 (MQ=255) cATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:420379‑M2/140‑60 (MQ=255) ttAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatg > 1:619858‑M2/1‑77 (MQ=255) gaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTttcaattca > 2:185600‑M1/70‑140 (MQ=255) cagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCtttt < 1:490202‑M1/64‑1 (MQ=255) cagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCtttt > 2:490202‑M1/66‑129 (MQ=255) gccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAAtt > 1:368197‑M1/61‑140 (MQ=255) gAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac > 2:175190‑M2/1‑68 (MQ=255) gAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac < 1:536885‑M2/140‑73 (MQ=255) gAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac > 2:536885‑M2/1‑68 (MQ=255) gAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac < 2:92075‑M2/140‑73 (MQ=255) aTTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgatt > 1:183887‑M2/1‑63 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAAt > 1:564229‑M1/48‑137 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAAt < 2:564229‑M1/90‑1 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAg < 1:448575‑M1/93‑1 (MQ=255) aaaaTGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacga < 1:137425‑M2/140‑88 (MQ=255) aaaaTGGTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCGGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatggctttgtcatgcagctcccccgattttgagaccga > 2:598449‑M2/1‑53 (MQ=255) 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2:215171‑M2/133‑111 (MQ=255) ttAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgc < 2:477872‑M2/140‑112 (MQ=255) agtaagttggcagcatcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCcgcg < 2:476780‑M1/120‑1 (MQ=255) atGAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtg > 1:499421‑M2/1‑23 (MQ=255) gAATAATTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgct < 2:586778‑M2/140‑120 (MQ=255) aataatTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctg < 1:635149‑M2/140‑121 (MQ=255) aatTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcct > 1:481475‑M2/1‑17 (MQ=255) atTTATTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctc < 1:466089‑M2/140‑125 (MQ=255) tcaccGTTGTGACAGTTCGAATAAGATATGCCGTCTACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGgccg > 2:348006‑M1/6‑140 (MQ=255) tcaccGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGCAATTAGCCAAGATCTTGAGCAACAAAGCCCGCGCCAACGGTACGgccg < 2:211342‑M1/135‑1 (MQ=255) aTTCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagat < 1:534303‑M2/140‑129 (MQ=255) ttCGTTCTGACggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagatt < 2:615951‑M2/140‑130 (MQ=255) | ACGAGAACCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCC > NC_000913/3469917‑3470192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |