| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→11 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1594124 | 4 (0.060) | 40 (0.620) +CCC |
31/252 | 0.8 | 90.8% | pseudogene (3963/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| ? | NC_000913 | 1594125 = | 4 (0.060) | pseudogene (3962/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO | |||||
GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGT > NC_000913/1593985‑1594230 | gAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTg < 1:662596/140‑1 (MQ=255) aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGc > 1:43812‑M1/1‑139 (MQ=255) caGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccc < 2:165812‑M1/140‑10 (MQ=255) caGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccc < 1:558195‑M1/140‑10 (MQ=255) 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1:600637‑M1/140‑18 (MQ=255) tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcata < 1:339119‑M1/140‑18 (MQ=255) gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccccccaggcata < 1:62094‑M1/140‑19 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgtt > 2:1206111‑M1/1‑118 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgtt > 2:680491‑M1/1‑118 (MQ=255) tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcata < 1:680491‑M1/140‑27 (MQ=255) 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2:132931‑M1/139‑58 (MQ=255) tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacac < 1:796445‑M1/140‑61 (MQ=255) ccccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccg < 1:385419‑M1/140‑64 (MQ=255) cccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgct < 1:966832‑M1/140‑65 (MQ=255) ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctg < 1:1206111‑M1/140‑66 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgtt < 1:1143039‑M1/140‑69 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgccgtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttac > 1:132931‑M1/1‑71 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttat < 1:288070‑M1/140‑70 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttat < 1:219861‑M1/140‑70 (MQ=255) gCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttatgga < 1:1200136‑M1/140‑73 (MQ=255) tCATTTGAACCGGGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttatggatatta < 1:349852‑M1/140‑78 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt > 1:1002905/1‑125 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:1002905/125‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttatggatattaatgtgttgact < 1:939297‑M1/140‑89 (MQ=255) cgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccaacatcacaccgctgttatggatattaatgtgttgacttgcc < 1:577367‑M1/140‑93 (MQ=255) ccccatTCTCCAGGTTGCCGCCTATAGTGGTTTTACCGACACGCAGTGccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacattgcccgacatcacaccgctgttatggatattaatgtgttgacttgcc < 2:836495‑M1/138‑93 (MQ=255) tctcCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttatggatattaatgtgtt > 1:1213235‑M1/1‑42 (MQ=255) tctcCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccccccaggcataacgttcatatcacctgcagtggtgacatttcccgacatcacaccgctgttatggatattaatgtgtt < 2:1213235‑M1/127‑86 (MQ=255) cgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCTGCAGTGGGGACATTTCCCGACATCCCACCGCTGTTATGGATATTAATTTGTTGACTTCCCATATTAATGGCAGAGt > 2:57780/1‑140 (MQ=255) | GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGT > NC_000913/1593985‑1594230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |