| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→11 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1594124 | 4 (0.060) | 40 (0.620) +CCC |
31/252 | 0.8 | 90.8% | pseudogene (3963/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| ? | NC_000913 | 1594125 = | 4 (0.060) | pseudogene (3962/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO | |||||
AGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGT > NC_000913/1593995‑1594230 | caggccattgtttccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccccccccc < 2:165812‑M2/6‑1 (MQ=255)caggccattgtttccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccccccccc < 1:558195‑M2/6‑1 (MQ=255) aggccattgtttccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgcccccccccc < 1:827976‑M2/7‑1 (MQ=255) ggccattgtttccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgcccccccccca > 2:722040‑M2/133‑139 (MQ=255) 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1:62094‑M2/15‑1 (MQ=255) ccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGtt > 2:680491‑M2/121‑140 (MQ=255) ccggtatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGtt > 2:1206111‑M2/121‑140 (MQ=255) tatagttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCata < 1:680491‑M2/24‑1 (MQ=255) ttgccgttaacggtcagtacattccccggcttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgcccCCCCCCCCAGGCAAAACGTCCTTatccc > 2:782313‑M2/113‑138 (MQ=255) ttgccgttaacggtcagtacattccccggtttccccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCACAACGTTCATATCAcc > 1:284829‑M2/112‑140 (MQ=255) 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1:385419‑M2/60‑1 (MQ=255) cccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCt < 1:966832‑M2/62‑1 (MQ=255) ccccttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTg < 1:1206111‑M2/63‑1 (MQ=255) cttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgcccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 1:1143039‑M2/65‑1 (MQ=255) ttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTtac > 1:132931‑M2/74‑139 (MQ=255) ttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:219861‑M2/67‑1 (MQ=255) ttcgctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:288070‑M2/67‑1 (MQ=255) gctattcatttgaaccgtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 1:1200136‑M2/70‑1 (MQ=255) tcatttgaaccgggccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 1:349852‑M2/75‑1 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt > 1:1002905/1‑125 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:1002905/125‑1 (MQ=255) gtgccgccattctccaggttgccgccgatagtggttttagcgacacgcagtgccCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 1:939297‑M2/86‑1 (MQ=255) 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AGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGT > NC_000913/1593995‑1594230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |