| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 4,063,721 | IS1 (–) +9 bp | coding (567‑575/693 nt) | ompL ← | putative outer membrane porin L |
| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 4063721 = | 0 (0.000) | coding (575/693 nt) | ompL | putative outer membrane porin L | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 70 (0.960) | 52/276 | 0.2 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 4063729 | 0 (0.000) | coding (567/693 nt) | ompL | putative outer membrane porin L | |||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGCATCCGGCAGTTTCACATCAGAAGAAATACTTCGTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGCTACTATTAAAGTCATTCACTCGCATGAAGTAATGTGGCTCAAATGTATAGGAAAATTTATCGGTGATTTTAAAATTCCAGTAGGTGCCAATTTCATA > NC_000913/4063584‑4063860 | gatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCgg > 2:124420‑M2/138‑140 (MQ=255)cgcATCCGGCAGTTTCACATCAGAAGAAATACTTCGTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACgg > 1:84649/1‑140 (MQ=255) gcATCCGGCAGTTTCACATCAGAAGAAATACTTCGTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGa > 1:244993/1‑140 (MQ=255) tgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGaa < 1:1228666‑M2/5‑1 (MQ=255) 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1:640712‑M2/32‑1 (MQ=255) caccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCtt < 2:1052167‑M2/34‑1 (MQ=255) ccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTTATTTCCCAATGATGATCTTTc > 1:268217‑M2/105‑140 (MQ=255) cccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTcc < 2:1221418‑M2/37‑1 (MQ=255) cGTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgt < 1:831324‑M2/140‑29 (MQ=255) gTCCCGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgata < 2:536033‑M2/135‑25 (MQ=255) 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1:296466‑M2/1‑109 (MQ=255) cGATACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:1165575‑M2/1‑107 (MQ=255) agtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGc < 1:483764‑M2/43‑1 (MQ=255) agtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGc < 2:1027531‑M2/43‑1 (MQ=255) aTACGGATCTGGTTTTGCTCGCGGTGGTACGGTTCGACGTTGCGGTCTAACCAGCGCAATTCGAAATAAGGGAGCCAGTGTTCATTAATACGGTAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 2:776671‑M2/140‑36 (MQ=255) gctggacaggggggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaaggtggcagcatcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGctact > 2:241052‑M2/94‑140 (MQ=255) 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1:665674‑M2/140‑126 (MQ=255) cGGTAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctca < 2:940246‑M2/140‑126 (MQ=255) tcaccCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGCTACTATTAAAGTCATTCACTCGCATGAAGTAATGTGGCTCAAATGTATAGGAAAATTTATCGGTGATTTTAAAATTCCAGTAGGTGCCAAtt > 1:916367‑M2/6‑140 (MQ=255) tAACGGAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagat < 1:236635‑M2/140‑129 (MQ=255) cCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGCTACTATTAAAGTCATTCACTCGCATGAAGTAATGTGGCTCAAATGTATAGGAAAATTTATCGGTGATTTTAAAATTCCAGTAGGTGCCAATTTCAt < 2:637229‑M2/139‑1 (MQ=255) cCGGAAGGTGTTAGTGATTTCCCAATGATGATCTTTCCCGTTGCTACTATTAAAGTCATTCACTCGCATGAAGTAATGTGGCTCAAATGTATAGGAAAATTTATCGGTGATTTTAAAATTCCAGTAGGTGCCAATTTCAt < 1:436415‑M2/139‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |