New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3617431 = | 133 (0.850) | 4 (0.030) | 4/250 | 9.8 | 2.9% | coding (417/765 nt) | nikD | Ni(2(+)) ABC transporter ATP binding subunit NikD |
? | NC_000913 | 3617751 = | 144 (1.010) | coding (737/765 nt) | nikD | Ni(2(+)) ABC transporter ATP binding subunit NikD | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GATATGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTCCCTGACCCTGAAAA > NC_000913/3617612‑3617884 | atatGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc < 1:819311/140‑1 (MQ=255) atatGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc < 1:1730571/140‑1 (MQ=255) atGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCct < 2:155628/140‑1 (MQ=255) tGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc < 1:2180767/137‑1 (MQ=255) tGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc > 2:2180767/1‑137 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTTGCGGTAAGAATTTCGAACAGGGGGGTGTAGAAAAGCTGTTTAACCCCCCCCAACATACAGTGGCGCGCAGCCTTGTTTCCGCTCATCTCCCCccctc > 2:1089615/1‑139 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa > 2:2159229/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa > 1:2017102/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa > 1:2063931/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa < 2:2017102/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa < 1:807345/140‑1 (MQ=255) gCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc > 1:1666432/1‑134 (MQ=255) gCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc < 2:1666432/134‑1 (MQ=255) gTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGGAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACgg > 1:1823950/1‑140 (MQ=255) tgtgGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTGAGATTGTCGAACAGGGGGGTGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCCAACATACAGTGACGCGCCGCCTGGGTTCCCCTCATCTCGCCCTCTACGGTa > 2:2060175/1‑140 (MQ=255) tgtgGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGGAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGGTTCCCCTCATCTCGCCCTCTACggga > 2:1522636/1‑138 (MQ=255) gtgGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGGGGTGTAGAAAAGCTGTTTTAAGCCCCCCAAAATACAGTGACGCGCAGCCTGGGTTTCGCTCATCTCGCCCTCTACGGGAt > 2:2434014/1‑140 (MQ=255) gtgGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGGAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGGTGTTTTACGCCCCCCAACATACAGTGAAGCGCAGCCTGGTTTTCGCTCATCTCGCCCTCTACGGGAt > 2:566319/1‑140 (MQ=255) tgGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGAGATGTCTTACCGTAAGGATGTCGGACAGGGCGATGTAGAAACGCCGTTTTACGCCCCCAAACAAACAATGACGCCGAGCCCGGGTTCCCCTCATCTCCCCCTCTACCGTATg > 2:152095/1‑140 (MQ=255) cgcgTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAg < 1:1963406/140‑1 (MQ=255) cgTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGGTGTCTGACGGGAAGATTTTCGCAGAGGGGGGTGTAGAAAAGCTTTTTAAAGCCCCCCAACATTCACGGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCCCATCTCGCCCTCTACGGGATGGAGCt > 2:2168928/1‑140 (MQ=255) cgTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa < 1:828645/128‑1 (MQ=255) cgTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa > 2:828645/1‑128 (MQ=255) cgTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCt > 1:1726181/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTg < 1:1814278/140‑1 (MQ=255) tCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTgg < 1:337814/140‑1 (MQ=255) ggCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGcat < 2:2198935/140‑1 (MQ=255) tGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTG‑TTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACt < 1:879776/140‑1 (MQ=255) gACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACt < 1:152095/140‑1 (MQ=255) gACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACt > 2:2463147/1‑140 (MQ=255) aCGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACtt < 1:2168928/140‑1 (MQ=255) gCGGTGGTGTGCGACGGGAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACCGGCGGCCGGGGTTTCTCTCATCTCCCCCTCTACGGTATGGAGGTGGCATCATGACTTTACtt > 2:1940623/1‑140 (MQ=255) ggTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTaa < 1:1587788/140‑1 (MQ=255) aTGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACtt < 1:2061168/129‑1 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2:1251392/1‑139 (MQ=255) aCAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGt < 1:1251392/139‑1 (MQ=255) aCAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTg < 1:277617/140‑1 (MQ=255) tGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTg > 1:516183/1‑136 (MQ=255) tGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTg < 2:516183/136‑1 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGaa > 2:19366/1‑140 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAgg > 2:689471/1‑129 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAgg > 1:476746/1‑129 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAgg < 2:476746/129‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAAt > 1:1000760/1‑140 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATa > 2:187902/1‑140 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATa > 2:813383/1‑140 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATa > 2:1207330/1‑140 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTCTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATa > 2:224279/1‑140 (MQ=255) cgcAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAAc > 1:1574201/1‑140 (MQ=255) cAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGt < 1:19366/140‑1 (MQ=255) ccTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTc > 2:1235990/1‑140 (MQ=255) ccTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTc > 1:80102/1‑140 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccc < 2:2459295/140‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccc < 1:187902/140‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccc < 2:80102/140‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTCTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccc < 1:224279/140‑1 (MQ=255) tttCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccctga < 1:1675129/140‑1 (MQ=255) tttCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccctga < 1:1300478/140‑1 (MQ=255) tCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTccctgacc < 1:1636379/140‑1 (MQ=255) | GATATGGGCGTTGTGGCGCGTCTGGCGGATGACGTGGCGGTGATGTCTGACGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAAACATCAACATCAGGCGGTGCTGAATAACGTTTCCCTGACCCTGAAAA > NC_000913/3617612‑3617884 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |