New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 3427037	0 (0.000)	22 (0.830) +TGGGATCAACACTCATGTGTTGATAA	11/224	1.0	100%	intergenic (‑4/+39)	alaU/ileU	tRNA‑Ala/tRNA‑Ile
	?	NC_000913	3427076 =	NA (NA)					noncoding (77/77 nt)	ileU	tRNA‑Ile

GATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAAC  >  NC_000913/3426956‑3427134                                                                                  |                                                                                                  acaaatggagccaAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccac                                              <  1:192543‑M1/130‑54 (MQ=255) acaaatggagccaAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccac                                              >  2:192543‑M1/6‑82 (MQ=255)    aatggagCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctca                                      <  1:11709‑M1/138‑62 (MQ=255)      ttgagCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    <  2:1116214‑M1/138‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    <  1:1104791‑M1/140‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    <  2:771158‑M1/140‑64 (MQ=255)      tggAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    <  2:556350‑M1/140‑64 (MQ=255)         agccaagcgggatCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcaccctt                                 >  2:378835‑M1/7‑74 (MQ=255)          gccaagcgggaTCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcaccctta                                >  1:1058953‑M1/6‑73 (MQ=255)             aagcgGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatca                             <  1:361768‑M1/138‑71 (MQ=255)               gCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcagg                           >  2:189072‑M1/1‑68 (MQ=255)                cGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    <  1:987845‑M1/130‑64 (MQ=255)                cGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacc                                    >  2:987845‑M1/1‑67 (MQ=255)                  ggATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggt                        >  2:878192‑M1/1‑65 (MQ=255)                   gATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtg                       >  1:839212‑M1/1‑64 (MQ=255)                     tCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcg                     <  2:19149‑M1/140‑79 (MQ=255)                     tCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcg                     <  2:839212‑M1/140‑79 (MQ=255)                            gctgaccTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaac              <  2:23345‑M1/137‑86 (MQ=255)                            gctgaccTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaac              <  1:347067‑M1/137‑86 (MQ=255)                             ctgacCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaacc             >  2:548968‑M1/3‑54 (MQ=255)                                  ctcctGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaaccagctg        >  2:1080798‑M1/1‑49 (MQ=255)                                        cttgcAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAAtgggatcaacactcatgtgttgataatggtgggccttagtggactcgaaccaccgacctcacccttatcaggggtgcgctctaaccagctgagctaa  >  1:603207‑M1/3‑43 (MQ=255)                                                                                  |                                                                                                  GATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAAC  >  NC_000913/3426956‑3427134

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.