| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 225496 = | 7 (0.170) | 25 (0.760) +TGGGATCAACACTCATGTGTTGATAA |
11/224 | 1.4 | 86.1% | intergenic (+39/‑4) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
| ? | NC_000913 | = 4037217 | 3 (0.070) | noncoding (77/77 nt) | ileT | tRNA‑Ile | |||||
GAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/225579‑225496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCACCTGAGCTACAAG < NC_000913/4037217‑4037144 |||||||||||||||||||||||||| gaacaaaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGA > 1:1159044/8‑140 acaaaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACC < 2:1114860/135‑1 caaaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCT < 2:1549939/136‑1 aaTGGAGCCAAGCGGGATCTAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCA < 2:36239/138‑1 aaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCA < 1:1444867/138‑1 aaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCA < 2:508768/138‑1 aaTGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCA < 2:283561/138‑1 TGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACC < 1:524313/140‑1 TGGAGCCAAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTATCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACC < 2:922173/140‑1 gccaaGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTA > 2:110482/6‑140 gccaaGCGGGATCGAACCGCTGACATCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCATTA > 2:396223/6‑140 ccaaGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTAT < 1:540404/136‑1 GCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAATGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGG > 1:673176/1‑140 GGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACC < 1:533366/128‑1 GGATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACC > 2:533366/1‑128 ATCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGC > 2:435597/1‑140 TCGAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCATGGGTGCG < 1:881194/140‑1 GAACCGCTGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCT < 1:1376237/140‑1 ctGACCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACC > 1:1372127/3‑140 CCTCCTGCTTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAgct < 2:1384288/140‑4 ctTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTAa > 2:1121051/3‑139 ctTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGCGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTAa < 2:2169636/138‑2 tTGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTAaa < 2:1346434/139‑3 TGCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCTCTCTAACCAGCTGAGCTAaag > 2:373424/1‑137 GCAAGGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATGGCCCCTTAATGGGATCAACACTCATGTGTTGATAATGGTGGGCCTTAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTAaagg < 1:1900064/140‑5 |||||||||||||||||||||||||| GAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/225579‑225496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCACCTGAGCTACAAG < NC_000913/4037217‑4037144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |