New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1615389 | 31 (0.850) | 3 (0.080) | 3/274 | 3.9 | 9.0% | coding (586/882 nt) | yneJ | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YneJ |
? | NC_000913 | 1615393 = | 30 (0.830) | coding (590/882 nt) | yneJ | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YneJ | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCATACTGCCATCGACGGGATACCGGTATACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTAT > NC_000913/1615250‑1615528 | ccATACTGCCATCGACGGGATACCGGTATACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTAtcgtc < 1:595556/140‑1 (MQ=255) tACTGCCATCGACGGGATACCGGTATACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGcc > 1:121515/1‑140 (MQ=255) cgcaAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACgg < 1:351749/140‑1 (MQ=255) cgAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTg > 2:319893/1‑140 (MQ=255) cgAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTg > 2:280824/1‑140 (MQ=255) cTGAGGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTcc < 2:615773/140‑1 (MQ=255) gatCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGaa < 1:249183/140‑1 (MQ=255) gatCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGaa < 2:121515/140‑1 (MQ=255) cACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGT‑‑‑CACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATg > 2:78476/1‑140 (MQ=255) cGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCAt > 2:190973/1‑140 (MQ=255) cGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCAt > 2:129490/1‑140 (MQ=255) acaAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATgaga < 1:157769/140‑1 (MQ=255) ggATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATTGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGa > 1:200785/1‑140 (MQ=255) ggATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATg > 1:586044/1‑138 (MQ=255) ggATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATg < 2:586044/138‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCtt > 2:546648/1‑140 (MQ=255) cgcCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGT‑‑CCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGTGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCa > 1:351940/1‑140 (MQ=255) aGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATTGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACg < 2:200785/140‑1 (MQ=255) tGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTgg > 1:579520/1‑140 (MQ=255) tGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTgg > 2:319500/1‑140 (MQ=255) tGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTgg > 1:416808/1‑140 (MQ=255) tGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTC‑‑CGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGGCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGcc < 2:147728/140‑1 (MQ=255) cAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCt < 1:319500/140‑1 (MQ=255) cAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATCTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCt > 1:561758/1‑140 (MQ=255) tCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCtgtg > 1:80932/1‑140 (MQ=255) cAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAg > 2:18642/1‑140 (MQ=255) aaCATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGT‑‑‑CACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCAt < 1:78476/140‑1 (MQ=255) aTGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTgcg > 2:22269/1‑140 (MQ=255) tCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTAtt > 1:313122/1‑140 (MQ=255) cgcgCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTcc > 1:593882/1‑140 (MQ=255) cgcgCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTcc > 1:220872/1‑140 (MQ=255) cAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGct < 2:220872/140‑1 (MQ=255) cAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGct < 2:313122/140‑1 (MQ=255) gTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATg < 1:280824/140‑1 (MQ=255) cgCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTAt > 1:418101/1‑140 (MQ=255) | CCATACTGCCATCGACGGGATACCGGTATACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTAT > NC_000913/1615250‑1615528 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |