| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,119,259 | IS1 (+) +9 bp | intergenic (‑147/+330) | yghJ ← / ← glcA | putative lipoprotein YghJ/glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3119259 = | 0 (0.000) | 88 (1.430) | 54/278 | 0.1 | 100% | intergenic (‑147/+338) | yghJ/glcA | putative lipoprotein YghJ/glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3119267 | 0 (0.000) | 50 (0.810) | 41/278 | 0.3 | 100% | intergenic (‑155/+330) | yghJ/glcA | putative lipoprotein YghJ/glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
AGCAAACACCGTTCTATCTGTTGCTTTTGCAATCTTAATCGTTAAAACTACCAACAAATTTATATAGTTACGTTGTGAAATGTTGTTAATTTTTTGTTTGTTGAAATTTCGTAAAAATAGCCAGATAGACATCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3119394‑3119259‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATG < NC_000913/3584195‑3584058 AGCAAACACCGTTCTATCTGTTGCTTTTGCAATCTTAATCGTTAAAACTACCAACAAATTTATATAGTTACGTTGTGAAATGTTGTTAATTTTTTGTTTGTTGAAATTTCGTAAAAATAGCCAGATAGACATCGTAGGTA < 1:633324/140‑1 AAACACCGTTCTATCTGTTGCTTTTGCAATCTTAATCGTTAAAACTACCAACAAATTTATATAGTTACGTTGTGAAATGTTGTTAATTTTTTGTTTGTTGAAATTTCGTAAAAATAGCCAGATAGACATCGTAGGTAATG < 1:406561/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |